吴瑞萍一生致力于儿科传染病的临床医疗和科学研究。早在1939年，他赴美进修之前，已在协和医学院进行动物试验，探索链球菌感染的自动免疫可行性。在美国耶鲁大学医学院，他的研究进一步深化，回国后继续专注于百日咳自动免疫的研究。百日咳在当时是一种常见且威胁婴幼儿生命的疾病，缺乏特效治疗，主要依赖疫苗预防。面对国内无有效菌苗的困境，吴瑞萍选择了百日咳作为主要研究课题。
吴瑞萍的贡献在于从早期病儿的分泌物中成功分离出百日咳嗜血杆菌，制成了有效的菌苗。通过血清学和流行病学研究，他证明了菌苗的有效性，并观察到接种后免疫反应的动态变化。他发现，全程免疫后，滴度峰值下降，再次接种少量菌苗能迅速提高抗体滴度，并对接触百日咳患儿提供保护。这一发现促使他提出，接种过百日咳疫苗的小儿，接触患者后血清抗体可迅速升高，形成完全保护。
吴瑞萍的这些成就被广泛认可，他撰写的论文如《百日咳菌苗的制作及其临床应用》等在国内外医学界受到高度重视，包括美国权威专家Louis Sauer的赞扬。他在国际会议上的报告和发言，如列宁格勒会议的报告和布宜诺斯艾利斯国际儿科学会的报告，都展示了他在百日咳免疫研究上的杰出贡献。
除了百日咳研究，吴瑞萍还对其他儿科急性传染病进行了深入研究，发表了众多学术论文，如结核性脑膜炎、白喉、痢疾等，这些成果发表在《中华医学杂志》和《中华儿科杂志》等权威期刊上。他参与的《小儿传染病》教材编撰工作，使得他的知识和经验得以广泛传播，对中国的儿科教育产生了深远影响。
吴瑞萍，儿科传染病学家。毕生致力于儿科事业，在半个多世纪的医疗、预防、科学研究、医学教育工作中作出了成绩。特别在小儿百日咳的研究中作出了突出贡献。