深圳百合医院微创外科科室拥有主任医师、副主任医师、主治医师及住院医师等专业梯队，包括微创外科、骨科、手外科、肛肠外科、泌尿外科等专业组。提供多种外科手术服务，包括体表肿物切除术（如皮脂腺囊肿、脂肪瘤、腱鞘囊肿、表皮样囊肿、乳房纤维瘤等），清创缝合术、脓肿切开引流术、阑尾切除术、疝修补术、各种甲状腺手术、胆囊摘除术、胆总管探查引流术、胃大部切除术、肠吻合手术，以及各种手外伤引起的肌腱、血管神经吻合术、各种外伤、烫伤的处理等。
该科室的专业特色在于引入代表国际先进水平的德国狼牌腹腔镜系统，以腔镜微创手术为主要特色。这些手术具有痛苦小、并发症少、恢复迅速等优点。深圳百合医院也是在胃转流手术治疗Ⅱ型糖尿病技术方面首家引进的医院，其手术治疗糖尿病领域处于国内领先地位。骨外科领域，该科室拥有椎管探查术、脊柱椎弓根螺丝钉短节段内固定术、人工髋关节置换术、骨不连植骨内固定术等先进的骨科技术，其中“牵拉式股骨颈加压螺丝钉”获得了深圳专利。在骨折治疗及骨畸形愈合矫治等方面，该科室的技术力量雄厚。
深圳百合医院是一所集医疗、科研、预防、保健为一体的现代化综合医院、大连医科大学教学医院、社会医疗保险定点医院、劳务工合作医疗定点医院。深圳百合医院开设有急诊科、内科、外科、骨科、妇产科、儿科、肛肠科、男科、脑外科、结石科等多个特色综合科室。依靠医院的科学管理、优秀的人才、尖端的技术、先进设备的优势，为广大顾客提供安全、高效、适宜的医疗保健服务。