哈哈，这个问题有意思了，为啥《火影忍者》中宇智波鼬的身体会那么差?个人认为最主要的原因在于鼬的作战方式以及在剧情中的角色定位有关系，下面具体说明一下。
在火影忍者前期鼬作为反派的能力设定过于逆天，如果不加入一些限制条件主角这边根本打不过鼬。
岸本对于火影中很多角色的设定在前后期有很多改变，鼬就算最明显的一个例子，一开始岸本只是把鼬设定成一个纯粹的反派角色。后面因为有在观众中人气太高不得已更改设定让鼬洗白，而鼬作为火影前期大蛇丸之后出现的强力反派角色在技能设定上基本上是没有任何缺陷的，忍术，体术，幻术能力都异常强悍，以火影前期的相对合理的力量体系来说主角这一边很难搞得定能力全面的鼬。
所以为了剧情需要就给鼬加了一个患有不治之症的限制条件，让鼬的持续输出能力大打折扣。也让前期能力不太强的主角能够平稳发展下去，反正岸本让鼬死鼬不得不死。因为鼬其实就是佐助成长的垫脚石而已，如果鼬不死，后面佐助是不可能得到永恒万花筒写轮眼的。
鼬的所谓不治之症个人认为就是岸本为了强行限制鼬的后期发展设定出来的，毕竟以鼬的超强天赋，发展下去正派人物基本上是没有办法限制鼬的。让鼬的身体差基本上让有在后期失去了发展潜力，减少佐助升级时候的障碍。
鼬的作战方式中写轮眼技能战的比重较高，而鼬由于是扶弟魔没有机会升级成永恒万花筒写轮眼。
大家都知道宇智波一族成员再升级成永恒万花筒之前使用写轮眼的能力对于使用者身体造成的损耗是非常厉害的，而鼬由于开启万花筒写轮眼之后经常在暗部以及后期在晓组织执行任务。对于写轮眼的使用频率远远高于普通宇智波一族成员，因为任务难度的原因鼬需要大量使用写轮眼能力辅助自己战斗。
而写轮眼对于身体的损伤基本上是不可逆转的，特别是须佐能乎这一招长时间使用会对全身细胞造成永久性的损伤，所以鼬在剧情中由于频繁参与战斗身体损耗的速率已经远远超过身体能够承受的极限。加上鼬是扶弟魔，不可能拿自己老弟的写轮眼，因此最后的结果就是在战斗中耗尽精力死亡。
由于鼬经历比较特殊木叶时期加入暗部以及后面加入晓组织让鼬执行的任务难度比较高，普通的忍术技能是很难消灭敌人的，因此鼬不得不依赖威力强但是对身体损伤大的写轮眼技能解决战斗。因此实际上鼬的身体长时间处于超负荷运转状态，自然身体一天比一天差。
鼬在剧情中的设定就是佐助成长的关键角色，中后期剧情基本上已经不需要鼬这个角色了，因此岸本为了剧情需要让鼬提前死亡。
前面已经说了，鼬存在的根本意义就是让佐助能力大幅度提升，但是也不能让主角光环开得太明显。怎么办呢？对，给鼬设定成一个有不治之症的人，这样就能强行把鼬在特定的剧情时间段强行写死。剧情中对于写轮眼进化的设定就是需要强烈的感情刺激才行，而佐助虽然更大蛇丸学了几年写轮眼依旧停留在三勾玉的状态。
为了让佐助迅速变强只有以鼬这个亲哥哥的死刺激佐助了，但是以鼬的能力特点来看就算放水和佐助打，如果没有疾病限制当时的佐助根本打不过鼬。因此岸本在早期就给鼬添加了一个不治之症的条件限制鼬的能力发挥，类似的情况在大蛇丸手下的君麻吕身上也得到体现，如果不是最后君麻吕病发可能最后死的角色就是小李和我爱罗了。在佐助顺利开启万花筒写轮眼之后鼬的辅助工作基本上算是告一段落了，中后期的剧情不需要鼬再出现自然就给了宇智波鼬一个因为疾病最后死亡的结局。
火影中鼬的存在最大的任务就是辅助男二号佐助快速增长实力，而写轮眼想要进化就必须在强烈的感情刺激以及让佐助经历痛苦之后才行。因此为了让佐助顺利开启万花筒写轮眼，自己老哥就不得不做出牺牲了，这样岸本前期的铺垫就起到作用，鼬应为身体疾病原因最后力竭而亡。否则如果油身体没有疾病限制，以其领先于佐助的写轮眼层次和作战经验来说佐助没有取胜的希望。
最后总结一下，个人认为鼬身体有不治之症的原因最重要是剧情安排以及鼬作战方式造成的影响，只能说是剧情杀否则前期的正派人物基本上搞不定鼬。分析不到位地方请见谅，各位有其他想法欢迎留言讨论。