心灵终结2.0的故事紧接《尤里的复仇》的苏联剧情。在罗马尼亚之战结束后，尤里企图使用时间机器改变历史，而苏联则设法让他困在了侏罗纪。但是，尤里并没有葬身其中，尤里手下的残党设法夺取了盟军开发的另一台时间机器，并用它回到过去解救了尤里。尤里决定组建一支更强大的军队来完成自己的复仇，而厄普西隆则应运而生。 心灵军团
特种部队：心灵炸裂装置。自爆单位，对坦克和建筑威力极强。
特殊战术：免疫技术。步兵单位生命+25%。
精英部队：鱼叉机炮兵、海妖护卫舰、磁控坦克（即磁电坦克）。
混乱部队
特种部队：叛变之握。使用神经毒气令敌方地面单位自相残杀，对建筑使用集束火箭。
特殊战术：炼金术。矿石价值+15%。
精英部队：梦魇步兵（2.0psi为毒害者，即病毒狙击手）、海橇艇、浮游飞碟（即镭射幽浮）。
总部守卫
特种部队：卡阿莫斯发射平台。发射远程毒气火箭。
psi变为卡阿莫斯炮。两栖载具，使用高杀伤轨道炮攻击，但装甲弱。
特殊战术：快速反应。步兵移动速度+25% 。
精英部队：心灵专家、魔影坦克、星火轰炸机。
天蝎组织
特种部队：奴隶矿场。与原版相同。
psi保留奴隶矿场并加入清道夫坦克。使用毒气攻击，可以碾压载具，杀死敌人可以获得资金。
特殊战术：量产技术。装甲部队建造速度+15%。
精英部队：鞭打者轻坦克（即狂风坦克）、加特林坦克、极速摩托车、兽化兵（即狂兽人）。 厄普西隆建造场
生化反应室[摧毁后会有病毒]
厄普西隆兵营
厄普西隆矿石精炼厂
奴隶采矿车[2.0C中为天蝎组织特色单位，PSI中天蝎组织只需建造奴隶采矿车，不能建造矿场]，
厄普西隆兵工厂
厄普西隆雷达球
厄普西隆机场（可在部分区域探测敌人单位）
厄普西隆海军船坞
厄普西隆粉碎机（即《尤里的复仇》中“部队回收厂”）
厄普西隆研究实验室（图标呈灰白色）
厄普西隆克隆缸（改为建筑栏建造）
厄普西隆钻矿平台（相当于一个额外的钻矿井,钻出的矿价低廉但效率极高）
厄普西隆学院（2.5beta专有） 厄普西隆护城墙
厄普西隆闸门（2.5beta中专有）
坦克碉堡
撒拉弗塔[PSI中为“萨拉芙”]
加特林机炮[仅能对空]
轨道炮塔（由原版的“心灵控制塔”改为发射心灵轨道炮而成）
心灵幻象仪（一定范围内隐形，模型为心灵信标，可以揪出恐怖无人机）
基因突变器（超级武器）
心灵支配仪（超级武器，即原《尤里的复仇》中心灵控制器，范围增大了一圈的范围）
启示（即心灵控制探测）
心灵之雾（使单个单位永久隐形，PSI以后被移除）
注射剂（PSI加入的技能，永久提高单个步兵的攻击力）
混乱长枪（2.5beta加入的技能，对一片区域内的敌人造成混乱效果） 尤里新兵（尤里的新兵，可以进入建筑，从而把建筑变为战斗堡垒）
兽化兵（血量降低，即狂兽人）
厄普西隆工兵(即工程师，但厄普西隆工程师可以自动补血)
厄普西隆军犬（攻击步兵有病毒效果）
鱼叉机炮兵（对步兵威力比兽化兵大一些，可对空，但威力较差）
心灵专家（即原《尤里的复仇》中尤里复制人，移动速度增快，可以升级）
毒害者（即2.0C版本中的“病毒狙击兵”,2.0C，2.0PSI中可对空狙击飞行兵和伞兵，升到三级后隐形）
变异兵（非可直接建造单位，可用基因突变或拉恩攻击其它步兵获得，比狂兽兵强一些，但不可升级）
梦魇步兵（2.0c独有，发射的炮弹与星火轰炸机一样，一次一发。）
拉恩（英雄单位，会游泳，使用基因轨道炮攻击，可以把步兵变成变异兵，拉进回收厂价格与兽化兵相同，但在2.5beta中价格极低） 反重力采矿车[2.0C中为两栖不能隐形，PSI中替换为“幽灵采矿车”，隐形不能两栖]
加特林坦克（对装甲，空军攻击增强）
鞭打者轻坦克（即狂风坦克，攻击力提升）
极速摩托车（速度极快，可载一人，隐形后里面的人攻击不会被发现）
混乱象限（即原来的神经突击车，被摧毁后会释放小范围神经毒雾）
装甲运输艇
钻地运输车
魔影坦克（对建筑物，步兵攻击较强，对坦克攻击一般，平时隐形，攻击时显形）
磁控坦克
主脑坦克（2.0psi中称为心灵之主，就是神经控制车,2.0c可以控制四个人，不会控制过多。2.0psi可以控制3人控制四人或四人以上会掉血，2.5中与2.0c一样）
厄普西隆机动建设车
机动幻象仪（与心灵阻断器同样功能，部署后可小范围隐藏单位和建筑，前提是建造一个心灵幻象仪）
星火轰炸机（升到3级可以隐形）
救援飞碟（维修车辆单位用）
悬浮飞碟（浮游飞碟或者称为镭射幽浮。攻击步兵有病毒效果，不只是直接的打死步兵了。）
海橇艇
加特林战舰
巨型乌贼
海妖护卫舰[2.0c中飞弹无法被击落，PSI中为“克拉肯护卫舰”，集束导弹改为毒剂飞弹，2.5beta使用反重力磁电辐射攻击装甲部队] 与《尤里的复仇》中的尤里阵营相比，厄普西隆军团减弱了心灵控制技术的作用。相反，他们开始研究其他的技术来强化自己的军力，例如心灵控制塔被杀伤力强大的轨道炮塔取代，而心灵阻断技术（即隐形技术）也迅速发展。在回到现代之后的几年里，尤里一直在酝酿自己的复仇计划，这其中包括用更强大的心灵控制器——心灵支配仪构成心灵控制网络，以及制造强大的变异战士——拉恩等。
当时机成熟之际，尤里向世人宣告了自己的回归。一队运用了隐形技术的魔影坦克潜入了莫斯科，破坏了莫斯科的电力设施。厄普西隆的大军随后大举攻入，并使用心灵支配仪控制了苏联的军队。莫斯科被攻下后，尤里又使用心灵支配仪一举攻陷华盛顿，世界再次陷入了危急存亡的关头。
心灵终结2.0的剧情采用了红色警戒系列传统的分时间轴模式，即每一方的任务在不同时间轴上进行。在战役中，玩家将扮演自己阵营的指挥官，领导自己的阵营取得最终的胜利。盟军和苏联需要一步一步地夺回失地并且制止心灵控制体系的进一步扩大，并在此过程中逐渐获得更强大的装备。厄普西隆的指挥官原本是尤里的复仇中的苏联指挥官，因受到尤里胁迫而指挥厄普西隆军队。厄普西隆的战役主要专注于破坏行动，例如挑起朝鲜与韩国的战争、控制美苏的元首等。然而，指挥官并不会轻易屈服于尤里，三大阵营的最后一关都以摧毁尤里的终极武器——心灵终结仪为目标。
