嗨！
估计是软件有冲突，先备份下重要资料然后清空数据，之后先不要恢复数据看看能否解决
清空数据：关机状态下，按住音量加键和关机键，等出现开机画面时松手，即可进入Recovery。进入Recovery>中文>清除数据>清空所有数据．）。
之后先不要恢复软件看看手机是否正常、
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请问你的小米手机3是哪个版本了，如果是移动版的，三清数据，只会清除手机内部存储里面的资料，（如果是米3联通版和电信版，请注意三清的时候'一定要备份所有的资料，包括照片，音乐，视频这些。）不会清空内存设备上面的。 视频，照片，音乐就是存在内存设备上面的。
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小米手机3联通版与电信版的闪存采用了新版的方案，新方案中手机所有的内存会跟随用户使用来智能分区，可以更好的节省用户内存。同时在刷机三清时会将手机闪存的所有资料清空，保证稳定性，建议大家刷机前备份好重要的资料。