在《梦幻西游》端游中充值了仙玉，但在互通版上没有，可能有以下原因：
网络卡顿：网络不稳定可能导致充值信息没有及时同步到互通版上。
充值方式不同：端游和互通版可能有不同的充值方式，导致充值信息没有关联起来。
系统问题：游戏系统可能存在一些问题，导致充值信息没有正确显示在互通版上。
针对以上原因，可以尝试以下解决方法：
检查网络连接：确保网络稳定，避免因为网络问题导致充值信息没有同步。
确认充值方式：确认端游和互通版的充值方式是否一致，如果不一致，可能需要重新充值或联系游戏客服进行咨询。
联系游戏客服：如果以上方法都无法解决问题，可以联系游戏客服，向他们反映问题并寻求解决方案。
请注意，以上建议仅供参考，具体解决方法可能因游戏版本和具体情况而有所不同。