如何用MEGA构建进化树

如题所述

第1个回答推荐于2016-07-24

这个问题还是很easy的

MEGA 4
1.打开MEGA4软件
2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL
3.在弹出的窗口中选择create a new alignment
4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析
输入序列什么的就不说了
5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW
6.利用默认参数进行多序列比对
7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer
8.点击Yes保存current align session (.mas)及MEGA file(.meg)
9.我暂且认为你是要构建phylogeny，NJ(neighbor joining)和MP(Maximum parsimony)方法都可以，当然还有其他很多方法，依据不同标准，需求选择
10.调好参数，计算就可以了本回答被提问者和网友采纳

第2个回答 2018-12-24

用MEGA构建进化树有以下步骤：
1、获得序列
将克隆扩增测序得到的基因进行测序。
2、 NCBi上做BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序列 (FASTA格式文件）下载下来，或点击GENBANK登录号，复制FSATA格式，整合在一个'TXT文档中。
3、比对序列，比对结果转化为*.MEG格式
用1\^0八5.0的0^31八1^做多序列联配，比对结果用 *.MEG格式保存。或者用CLUSTALX软件进行比对，比对结果保存为'ALN，再用MEGA 5.0转化为'MEG格式。
4、构建系统进化树
打开保存的'MEG格式文件，选择邻接法构建系统发育进hhuashu

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