连续十几天的海上颠簸之后，吕将军终于到达台湾。加上他本来手足疾病就未痊愈，一到台湾就感觉很不舒适。道光二十八年（1846）九月七日，他才接过了总兵大印。 接下来，吕将军顾不得再行休息，立即着手台湾兵备治理。很快他就调查清了军队及地方的现状。台湾的兵士都是从大陆调署来的，而且多为福州和泉州籍，有一部分是漳州籍。但是泉州兵和漳州兵一向不和，各成一派，两派之间的矛盾越来越激化，往往是一触即发。在台兵士都沾染了不少地方习气，军纪散乱的很。今年春天刚爆发过一次派系争斗，福州兵出于助泉州兵的目的，也参加了骚乱。前任刘总兵非常为难，台湾兵营的将领编制中，不是福州人就是漳州人，袒护任何一方都会带来不可收拾的后果，只好采取“巧避”的办法，所以各兵营简直不像个军营的样子。虽然经另外省籍的将领劝解，两方都渐渐返回本营，但挑起事端的首犯没敢惩罚，精锐部队没有集合起来。台湾精锐部队是前任总兵奉旨，从全台湾一万四千兵士中挑选六百勇士组建而成的。他是台湾军队中待遇最好，战斗力最强的精锐力量。在这次争斗中，这支部队也解散了。他们知道吕将军是位有德有威的人，将军一到任，大半精兵自觉集合起来了。
吕将军认识到，这个事件的首犯不能马上惩办，否则会引起混乱，但是如果不加追究，整个军队就无法整肃。他首先公示全军既往不咎，但必须从现在从严做起。他委派那些人去处理地方旱情，缉拿地方奸匪，并给予优厚的装备。但是他们认为吕将军奈何不了他们，没有尽心尽力去办理。吕将军喝令，立即杖毙，念其曾经为国做出过一些贡献，吕将军又对他们加以厚葬，并抚恤家人。其他人等不敢再生二意。吕将军初步赢得了将士们的认可。
接下来，吕将军又从军粮军饷的发放开始整顿。所有军营的配给一律改为公开发放，严禁侵吞克扣。他对将领们加强了教育，多方做工作，化解宿怨，以国家大事为先，不要单纯考虑自己个人的利益，要精诚团结，共同为治理好台湾而努力。几个月的时间，大家都为吕将军的诚心所感动，被他的才能所威慑。在大局稳定的前提下，他捉来春天兵变的双方首犯，在大堂上申斥罪行，并当堂杖毙，对全军起到了很大的震慑作用。
台湾扶军徐宗干对这些事情非常赞成，他来信说：“将军没来之前，谁都不敢向他们发号施令，也不敢鞭笞一兵一卒。不是不懂军令，而是士兵们多为他们所用，稍有不慎，就会引起骚动，很难收拾。将军毅然处置，营中却没有一人敢公开吵闹。‘无欲则刚’，是古往今来很不容易做到的，但从将军治理军队来看，才明白了这句话的意义。”
之后，吕将军进一步了解到，台湾驻军时常有滋扰老百姓的情况。他下令凡是再有抢夺百姓财物的，当场可以乱棍打死；凡是偷窃者，立即交县衙审理，追查消脏源头，一起惩治；凡是打架斗殴，造谣生事的，也要严加处理。接下来又开始治理那些终日无所事事，懒惰游荡的冥顽之徒，对那些不知体统和制度的人进行教化。吕将军严格命令水陆各营，要向内陆兵营一样，每天都要按时操练，并加强搏击和射箭的训练。各营训练计划和记录要按时呈报审阅，并据此做为赏罚的重要依据。从此以后，兵士和老百姓的关系开始融洽起来，逐渐知道了一些体统，地方治安逐渐稳定下来。
在军事装备上，他做出了一些较大的举措。他把已经钝化的兵器全部销毁，重新打造了坚利的兵器；赶制了上千杆长枪，几百把短刀；在每只战船上都装备了四尊能装上百斤火药的大炮；每个兵营还装备了火枪火炮的防雨油布。这些措施有力的加强了军队的战斗力量。他深知要威镇凶逆，必须依赖军队，因此他对这些考虑的非常周到，力图招之即来，来之能战。 “照台湾孤悬海外，土性松浮，地气震动，事所恒有。”（《清代地震档案史料》）（页154-156）台湾地理位置复杂，经常有水灾、地震等自然灾害发生。1848年9月，淡水厅和葛玛兰厅被大水淹没；11月2日，11月8日，台湾连续发生7.0级强烈地震（《台湾通志》下卷85页），嘉义、鹿港、彰化三地最为严重。吕恒安带领将领立即投入到救灾的行动中，他下令各地火速查实了受灾情况。被淹居民6000余户，受灾人民30000多人，2000多人死亡，倒塌房屋14000多间。“城屋顷圮，人畜丧毙至折肢破额者，又不可胜计矣。令人伤心惨目，殊难名状。”（《台湾通志》）他当即下令，先用库银划拨，积极倡导各地绅士捐资赈灾，同时上奏皇上给予紧急援助。他在奏折中说：“统共实需工料银29129两5钱，均于各官绅捐赈盈余项下拨用，其不敷银两，并由该县年自行捐给。”（《清宣宗实录》卷464，页1-2）在他的倡导下，各地官绅纷纷捐献银两，没有出现灾民流离失所的情况。“思民于己，拯民于水。”吕将军更加赢得了台湾军民的爱戴。
救灾的同时，吕将军针对实情，制定了紧急治安措施。下令凡是趁火打劫，乘机危害乡里的，必须立即惩治。各地官员共缉拿了以黄来兴为首的二十多名罪犯，并立即正法，大大的震慑了罪犯。在自然灾害严重的时刻，吕将军仍然能够保持台湾的局势稳定，足见吕将军的雄才大略。 台湾海岸线绵延千里，一直有鞭长莫及的困难。沿岸都是一些平民村落，没有山岭遮挡，给沿海匪类勾结英寇以可乘之机。吕将军积极上书，请求加强海防力量，然而清政府对台湾疏于治理，再加上统治者的海防意识淡薄，始终未能拨给台湾军事设备所必须的银两。道光二十九年（1849）春夏之交，英国残余鸦片贩子勾结台湾当地的不法分子，屡次骚扰台湾海防。巡洋守备杨朝喜，贻误战机，逗留观望，被吕将军立即革职查办。他派谴安平协副将郭扬声和艨舺营参将苏斐然共同出击，给了英寇沉重的打击。活捉英寇及海匪近百名；解救被掳的民船六只，渔民几十人；缴获敌船十三艘，稍加整修后，充实到海防中去，使十几年来因军费不足，战船未添造一只的台湾海防得到了加强，台湾海防初步得到了稳固。
他在身体不适的情况下，巡阅了台湾南北两路军营，同时对地方治理予以督查。对营中的军务亲自进行指导，检阅兵士技艺，赏罚将领勤惰。还亲自到灾区慰问受灾百姓，指导地方官吏实施抗灾自救。一连几个月，风餐露宿，备尝艰辛。 过度的劳累，使他原本不适的身体更加虚弱了。一天，他忽然觉得头晕目眩，进而精神恍惚起来。医生对他说：“您的病情已经很严重，必须卧床静养了。”吕将军说：“镇台非卧治之所，稍事迁延，何以仰皇上慎重封疆之至意。”（《吕恒安行述》二十七页）仍然带病为国效力，“驭兵理事，辛勤一如往日。”在他的带领下，下属文武官员都非常努力，台湾虽然有一些小事情发生，但很快就会平息。
道光三十年（1850）十月，吕将军到凤山县检阅军队，忽然觉得两目不能集中视力，心神不稳，言语也有些颠倒，凡事过时就忘记了。吕将军下决心引退。下属们极力劝阻他，将军没有采纳他们的建议。他说：“台湾决不是我辈安享的地方，我不能耽误国家的大事。”咸丰元年（1851）四月，皇帝批准了他的请求。
“旨 吕恒安 着准其开缺 回原籍调理 钦此”
正在这个时候，澎湖列岛连续强降暴雨，几个岛屿全被水淹。吕将军在这种情况下，仍未忘记民众。在奏请赈灾恤的同时，他主动捐出自己的俸银，并号召同僚积极响应，以最快的速度投入到救灾的实际行动中去，不以自己即将卸任来推委责任。五月，温州总兵叶绍春前来接任总兵，吕将军才返回台湾岛上。
台湾民众得知吕将军即将离去，奔走传告，无不惋惜。前来送别的将领、士兵和地方绅士、普通百姓，连绵几十里。有的人竟伏在地上大声啼哭起来。吕将军也很凄然，三年来，他对这里的一人，一景，一物，一草，一木，无不产生了感情。他对大家说：“我执法过于严厉，不是我吕某生性残忍，实在是因为台湾积习难改，积重难返。三年来，我观察到大家已经有了改变，很想同大家一起和睦相处，共享太平，过上稳定富足的日子。怎奈我没有这种福气，病情加重，不能再同你们在一起了。我也舍不得你们啊！”听到这里，全军上下，无不动容，哭声连成一片。
