大多数不会。
日语可以代替英语参考高考，高考生可以根据自己的意向选择高考外语语种。高考用日语代替英语参加考试，国内大学均可报考，大学专业均可选择，绝大多数的院校专业都不会限制高考日语类考生；个别特殊专业除外。
阳光高考招生简章第45条：除军事、国防和公共安全等部分特殊院校（专业）外，高校不得规定男女生录取比例，不得对报考非外国语言文学类专业的考生作统考外语语种限制，不得在国家招生政策规定外作其他限制。
从以上招生简章就可以看到，只有极个别的特殊专业会限制高考外语语种，绝大部分专业都是不限制的。对于有疑虑的家长和学生来讲，可以到学校官网上面查看学校的招生简章章程，对于高考外语语种有限制的专业，简章会明确表示出来。家长和学生还可以直接拨打学生招生办的电话进行咨询。
高考选日语的考生在大学填报志愿时，只有极少数的大学或专业会对高考外语的语种做限制。
教育部发布的《2020年普通高等学校招生工作规定》第八部分“录取”的第44条：除军事、国防和公共安全等部分特殊院校（专业）外，高校不得规定男女生录取比例，不得对报考非外国语言文学类专业的考生作统考外语语种限制，不得在国家政策规定外作其他限制。
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在《2019年普通高校招生工作的通知》中，第44条明确规定：“除军事、国防和公共安全等部分特殊院校(专业)外，高校不得规定男女生录取比例，不得对报考非外国语言文学类专业的考生作统考外语语种限制。”
通俗理解就是：高考外语为日语的考生，不能报考军事、国防和公共安全等部分特殊院校(专业)，不能报考非日语的其他语言类专业（如：英语、西班牙语、法语等等语言专业）