因为各种历史原因，加上秦始皇嬴政和秦相吕不韦的微妙关系，使得嬴政与吕不韦之间的真正关系充满了神秘色彩。
甚至后世有人提出秦始皇嬴政是否是吕不韦儿子的疑问，那么嬴政真的是吕不韦的儿子吗？答案当然是否定的。
这是为什么呢？让我们来仔细分析一下。
在一部名叫《秦始皇》的电视剧中，有这样一个情节。秦始皇嬴政大声质问吕不韦：“你究竟是不是我的父亲？”吕不韦沉思片刻，以更大的声音回答：“你要是想当皇帝，就不要问这件事！”这个情节使这两个人的关系充满了微妙，促使了许多人误以为嬴政真的是吕不韦的儿子。
其实这个情节在历史上是不存在的，这只是电视剧为了达到艺术渲染的效果，而编排的虚拟情节。所以这些情节是不可信的。
对于嬴政与吕不韦的关系，只能从历史角度分析，必须以史料为基础。
我们都知道，秦始皇的生母是赵姬，这时许多人会说赵姬是吕不韦献给当时的秦王赢异人的。其实这件事本身就是没有任何根据的。
《秦始皇本纪》记载，秦国灭掉赵国后，秦始皇曾经亲临邯郸，把同秦王母家也就是与秦始皇生母赵姬有仇怨的，全部都杀害了。
史料记载，赵姬出生于赵国的贵族，既然赵姬出身贵族豪门，而吕不韦只是一个商人，以当时的门第观念，她怎么能先作吕不韦的姬妾，再被献给当时的秦王赢异人呢?
很多人说赵姬是一个舞姬，那么如果赵姬是“邯郸诸姬绝好善舞者”一名出色的舞姬，秦始皇嬴政又何必亲自到赵国杀人，一个舞姬哪儿来的那么多世家贵族仇家?所以这是有矛盾的。
我们再从赵姬怀秦始皇的时间上来判断，就算说赵姬是吕不韦献给赢异人的，那么嫁给赢异人后，赵姬也只能呆在赢异人的身边，与吕不韦私通的可能性是很小的，这时就有许多人说赵姬献给赢异人时就已经怀了吕不韦的孩子，这更是无稽之谈。
史料记载，嬴政是在赵姬进宫后才怀孕的，并且是足月之后才生下的，如果赵姬在进宫前怀孕，当时的秦王赢异人怎么可能发现不了，所以这个说法太过于荒诞。
最后我们从嬴政与吕不韦的关系上分析，因为吕不韦帮助嬴政稳固了权力，所以嬴政对吕不韦表面上还是十分尊敬的，但是这也仅仅局限于权力利用方面的尊敬，嬴政也知道，吕不韦的权势非常大，对自己的皇位还是有一定的威胁的。所以吕不韦的结局并不美好，他最后被嬴政逼迫自杀而亡。
如果说吕不韦是嬴政的儿子，嬴政怎么可能一点也不知情，就算因为宗室继承不能声张，那嬴政也不可能把自己的生父逼的自尽而亡。所以从这点上分析嬴政也不可能是吕不韦的儿子。