历史上的忍者和火影里的相差是在是太多了。真正的忍者可不想火影里那样，能在阳光底下露面已经是很奢侈的了，更加不用说上学、谈恋爱什么的了。而且忍者之间也不会爆发大规模斗争，主要任务就是暗杀、破坏、收集情报和扰乱敌人后方等一系列秘密任务，所以说火影里的暗部和根更加符合忍者的这个设定。这两个组织在火影里的戏份不多显得特别神秘，很多观众甚至分不清两者到底有啥区别。
首先是创立者与指挥者不同
对于观众来说，暗部是既熟悉又陌生，大家很多熟悉的忍者都是暗部出身的。比如卡卡西、鼬、和伊比喜都在暗部历练过。暗部最早是由二代火影创立，全名是“暗杀战术特殊部队”，直接听从火影指挥的特种作战部队，后来经由三代之手发扬光大。而跟组织则是暗部下的一个小分队，整体的配置也是完全按照暗部来创建的。只不过不归火影指挥而是由团藏一手建立和把控的。我们熟悉的佐井、大和都是从跟出来的。
其次是工作性质不一样
除了总指挥的人不一样的，分工上也有很大区别。暗部除了暗杀以外还兼顾收集情报和保护等任务，比如鸣人出生时就是三代派暗部承担的安保工作。不得不吐槽一下，安保这方面暗部实在太不专业了，就没几次成功的。而根就是纯粹的暗杀组织，可以上说是暗部中的暗部，接触的都是真正意义上的脏活泪活。国内外的政敌，有威胁的人，暗部不好下手不敢杀的人都由根来处理。
然后就是根比暗部隐藏得更深
火影里很多暗部的成员名气都大得很，比如大和加入暗部后“木遁天藏”的绰号名扬海外，又或者鬼鲛被伊比喜围堵的时候一眼就认出他是木叶暗部的。而根则不一样，保密措施做得相当好，别说村外的人，就连村里的人认识他们的都没几个。
最后就是根比暗部更忍者，更泯灭人性。
当初四代看卡卡西不开心特意将他送进暗部，让他寻找一下自我。但是根则是完全泯灭自我的组织，佐井就是一个最好的例子，从小在根长大，连笑都不会，一点感情都没有，连怎么夸人都是后天学习的。可以说，根组织更加深化了“忍者就是工具”这个概念。因为三代和团藏关系的对立，根组织甚至可以说已经和暗部平起平坐了，火影特许先斩后奏，这就是真正的根。
