三门县水利局内设多个部门，各司其职，致力于水资源管理与水利设施建设。
1. 办公室(水利志编办)：负责局内日常事务，包括文秘、财务、保卫等工作，以及党务、人事、安全生产指导和水利队伍建设等。负责人叶信林。
2. 规划建设科(饮水办)：主要负责全县水利规划、项目监管、行政审批和农村饮用水工程的规划实施等，由杨广平负责。
3. 水政水资源科：负责水资源管理、法制宣传、水土保持和节约用水，确保水质监测及水事纠纷处理，吴晓夫担纲。
4. 行政审批科：处理水利局的27个行政审批项目，涉及受理、审查和公开公示等工作，丁正兴主管。
5. 防汛办：负责防汛抗旱的组织协调工作，确保洪水调度和旱情应对，叶晓负责。
6. 水利管理总站：负责小型农田水利管理，包括规划、建设和质量管理，罗胜利领导。
7. 河道管理所：负责河道、湖塘的监督管理，包括水环境整治和工程质量管理，任典庭负责。
8. 水政监察大队：负责具体执法工作，涉及案件调查和处罚，叶维康领导。
9. 水电服务总站：负责水能资源开发和小水电行业管理，卢健负责水电工程的防汛预案编制和安全生产监管。