嘉善县旅游局内部设有三个主要的职能科室，具体如下：
办公室
协调局机关政务事务，负责文秘、档案、保密等工作，以及对外联络、信息咨询和重要会议的组织。
负责行政、后勤、财务管理和人事工作，包括人事调动、教育、考核、考察及劳动工资政策。
指导旅游行业的财会管理，并配合财政部门审核旅游专项资金使用，参与创汇工作和全县旅游统计。
负责人才资源开发和专业技术人员管理，以及局机关的党务日常工作。
规划发展科
负责研究全县旅游业的整体发展规划，参与旅游资源普查和旅游区评定管理工作。
指导旅游区规划与开发，提出对新项目的建议，参与交通规划和标准制定。
负责特种旅游项目的申报，编制旅游发展投资计划，引导社会投资和外资引入。
参与国家级至地方级风景名胜区申报，以及文化遗产和文物保护工作。
负责旅游市场开发策略，组织旅游宣传和促销活动，开发国内外客源市场。
行业管理科
负责旅游业的全面管理，推广行业标准和服务规范，负责国内和出入境旅游业务的综合管理。
审核旅行社资格，参与年检，负责星级饭店评定和旅游车船公司定点申报。
推动旅游行业精神文明建设，监督旅游质量，处理安全事故，指导旅游保险和教育培训。
负责旅游从业人员资格认证和业务培训，处理旅游行业执法工作。