1、菌丝体生长阶段管理。播种后10天内如有个别地方菌种未萌动，可洒石灰水促进萌动，播后在大棚上或阳畦上加盖草帘保温。在7-10℃条件下，15天左右菌丝就长满整个畦面，30天左右菌丝就深入到料面下5厘米左右，40天就可以揭膜通风催蕾，这时要保持80%以上的高湿环境，每天揭膜通风10分钟，促使菌床由灰白色转为雪白色。当菌床呈雪白色并有大量琥珀色液滴时，要立即进行催蕾，方法是将培养料上的地膜支高10-20厘米，使空气湿度达到80%以上，每天通风2-3次，每次20分钟，这样连续进行一个星期，即产生大量菇蕾。出菇前要保持菌床湿润，但不能有积水，以免积水烂菇，温度控制在10-12℃，并避直射光。
2、出菇后管理。当金针菇长到1-2厘米时，去掉料面上的地膜，保持湿度在90%以上，大棚每天通气1-2次，每次20分钟。棚内二氧化碳浓度降低在0.114%以下。中期在栽培床上支一层细纱布，这样浇水喷在纱布上，可避免水流冲刷幼菇，同时又可避直射日光，以加快幼菇生长，此期温度应保持5-8℃。
3、适时采收：当菌柄长而不开伞、颜色呈淡乳白色时，即可采收。采收时一手按住菌床，一手轻握菇丛从根部摘下。采收后清理床面卫生，喷水后覆盖薄膜。连续数天喷水待下茬菇长出。
4、菌糠还田：栽培过金针菇后的菌糠中还有较高的有机物及氮、磷、钾等营养素。菌糠还田，可减少蔬菜栽培的化肥用量，提高土壤有机质含量，提高蔬菜产量和质量。金针菇栽培结束后，把菌糠从袋中倒出，敲碎，均匀地撒在土表，通过翻耕使菌糠与表土充分混合，然后整畦准备下一茬蔬菜的栽培。