这种问题其实很无聊，金庸小说中的各种武功都是虚构出来以增强文学趣味性的，不能当真。
如果一定要比较，就要懂得一个规律，那就是金庸巅峰期小说中的武功最奇幻最厉害，而早期小说武功趋于写实，晚期小说的武功则有退化趋势。
六脉神剑是《天龙八部》中的，据小说描述是一种无形剑气，可以远距离杀伤敌人，自己只要站在原地点点戳戳就可以，属于极为神奇厉害的上乘武学，即使是小说中顶天立地的第一大英雄萧峰看到之后也感到如果自己应对只怕也不是对手。
《笑傲江湖》是金庸的倒数第二部小说，小说中无论人物还是描写的各种武功，比较起巅峰小说来都退化的很厉害。而独孤九剑主要出现在《笑傲江湖》中，是一门高级剑术，可以针对对手各种武功招式甚至武器，找到破绽而一举击败。前提是必须要见招拆招，刀剑相对的肉搏才能起作用。
因此相比较之下当然是六脉神剑更强，就像一个人拿了一把手枪和另一个拿了一把锋利长剑的人决斗，拿剑的人招数再好却根本沾不上身边。
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