增值税普通发票的税率是13%是因为：
1、开具增值税发票的税率不是按照专票与普票而定的，而是根据企业类别、经营范围适用文件规定的税率而选择的；
2、可以税务代开，当部分法人单位或个人没有开发票的资格，可以前往税务局开具发票；
3、可以企业开票，当企业注册完成后，就可以申请税控和发票，拥有开发票的资格。之后公司再配备电脑和针式打印机设备，就可以开始自行开票了。一般建议，只要公司有业务收入，就要尽早申请开票资格，自行开票；
4、开具增值税专用发票税率为13%，增值税普通发票也是13%。
法律依据：《中华人民共和国增值税暂行条例》
第八条纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。
（二）从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额。
（三）购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：
进项税额=买价乘以扣除率
（四）自境外单位或者个人购进劳务、服务、无形资产或者境内的不动产，从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额。
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由国务院决定。第二条增值税税率：
（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。
（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：
1、粮食等农产品、食用植物油、食用盐；
2、自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；
3、图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；
4、饲料、化肥、农药、农机、农膜；
5、国务院规定的其他货物。
（三）纳税人销售服务、无形资产，除本条第一项、第二项、第五项另有规定外，税率为6%。
（四）纳税人出口货物，税率为零；但是，国务院另有规定的除外。
（五）境内单位和个人跨境销售国务院规定范围内的服务、无形资产，税率为零。
税率的调整，由国务院决定。
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