学院派中医是指中医药大学培养出来的衣钵相传的师生型中医，因为有毕业证执业医师证，能进入医院，又叫体制中医。所谓民间中医就是指通过拜师学艺或自学成才或者祖传三个途径产生的中医，目前来讲这些中医都无证，又叫无证中医，都不吃体制饭，不要纳税人养，又叫民间中医！
学院派中医和民间中医的区别有以下几点：
一、历史不同
民间中医源远流长，在中国至少有三千年历史！中医绝对是民间的产物，是人民群众为了自已健康而创造各种方法治病的集合体！中医的所有理论技术与药物全是人民群众创造出来的，专利权属于人民自己，而非官府所有！所以有人一听民间中医这个词就鄙夷，其实大可不必，人民是真正的英雄，官府才是幼稚可笑的！中医出自民间，正本清源，正体现中医的伟大，人民这个民字，体现着智慧与伟大！民间两个字，体现着中医历史渊源的纵深无限宽广！我倒觉得民间中医四个字熠熠生辉，是金不换，二千年来历数所有中医大师，哪个不是来自民间？
学院派中医寿元相比民间中医短太多，认真说来，民间中医有资可查【如马王堆汉墓出土文物】证明有二千多年历史，而学院派中医充其量才有六十来年寿命！
二、传授方式不同
虽然学院派中医拿了民间中医的资料作学习规范，但两者学习方法大相径庭：
1.民间中医学习犹如开小灶，所以特色性较多，各擅胜场！学院派中医学习犹如吃大锅饭，千篇一律，犹如流水线上机械化作业，产品如一个模子脱的！
2.民间中医学习的内容一是传统的中医典籍，二是祖传师传独门绝技或心得！总之必须以纯粹中医为原则！一尘不染。而学院派中医学习内容相当杂，有西医内科学，西医药理学病理学，有西医解剖学，有英语，也就是说一半功夫化在西医与英语学习上。
3.民间中医学习方法是书本与实践相结合，学以致用，大多数民间深入原野山野亲自采药鉴别药炮制药，会一边看病一边学习，干中学学中干。而学院派中医学习是课堂讲授，遗体解剖，光谱分析和小白鼠试验。两者学习方法区别较大。
4.学习结果不同。民间中医是多维思维，传承老祖宗的辩证，中庸，和谐，阴平阳秘的平衡学说。而学院派中医是单维思维，继承西方杀伐文化，攻击学说！民间中医能治疗很多复杂的疑难病，而学院派中医缺乏这种能力！有些博导公开对自己研究生说：我不能治感冒！
三、待遇不同
学院派中医是按西医标准呵护出来的，因为有证，所以享受体制俸禄，可以说养尊处优。好像人家温室花朵，备受关爱保护。民间中医因为坚持中医传统，因为拒绝西医标准化洗脑而无证，故备受打击，认定非法，打入另册，就像野生的草木，或高山石窝扎根，或磐石流溪下苟活，风吹雨打，困苦不堪，生存艰难！
举个例子：一个学生是中药系的，名校，他的中药学、中药鉴定学、中药化学、中药药理等所有必修科目都成绩优异，但我打个包票，这样的好学生去了药市是几乎不懂行的，书上说哪个药材哪哪的好，哪哪的道地药材，去了，第一可能找不到（书上说的哪好市场上可不一定有），第二就更恶劣了，被骗。去了药市，你直接面对的是药商，药商是什么？其实就是商人，商人的命就是利润，所以要是没几个朋友内线，要是没有好的交际能力，很容易吃亏。当然不和药商打交道还可以去找饮片厂，但我去药店买的饮片厂的药材质量好的特别少，并且非常贵。
举两个小例子，连翘有经过煎煮提取然后晒干再拿来卖的，如果你挑选的时候不用手碾碎了闻一闻，被骗的概率很大。炒王不留行看重的是爆花率，一麻袋王不留一打开看起来很不错，可能底下看不见的地方就放着没有爆花或爆花率极低的，这样占重，这是我最近在一个药店买王不留发现的，上面还有某药厂的标签，包装的倒挺好，可见国家认定的药厂也不太认真，医药一沾上钱真是很容易变味儿。同理现代医学的药物和器械也是门道多的很，中西都一样。