益生菌的好坏主要取决于其菌种存活数量、功效和活性。根据中国卫生部的规定，益生菌应以活菌形式存在，且在低温条件下运输和保存，以保持其活性。判断益生菌酸奶的有效性，首先要看菌株，因为功效是由特定的菌株决定的，比如动物双歧杆菌DN-173010，其对消化系统的益处并不适用于所有双歧杆菌菌株。
活性是关键，只有在胃酸和胆汁等恶劣环境中仍能存活的益生菌，才能到达大肠发挥其作用。一般推荐每毫升酸奶含有至少100万个活菌，以确保功效。益生菌产品种类繁多，包括酸奶、酸奶酪等，其中饮品类最为便捷。为了保持活性，益生菌产品需冷藏保存，保质期一般为1个月，冷藏温度控制在2-10℃。
食用时，益生菌应在冷藏条件下取出直接食用，避免高温加热，以防止活性降低。推荐每天摄入100ml活性乳酸菌饮品，饭后饮用效果最佳。某些特殊人群如胃酸过多、术后病人等应在医生建议下适量饮用，婴幼儿和孕妇则可适当补充益生菌。随着年龄增长，肠内有害菌增多，成年人和老年人尤其需要补充益生菌以维护肠道健康。
益生菌（Probiotics）是一类对宿主有益的活性微生物，是定植于人体肠道、生殖系统内，能产生确切健康功效从而改善宿主微生态平衡、发挥有益作用的活性有益微生物的总称。人体、动物体内有益的细菌或真菌主要有：酪酸梭菌、乳酸菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、放线菌、酵母菌等。 目前世界上研究的功能最强大的产品主要是以上各类微生物组成的复合活性益生菌，其广泛应用于生物工程、工农业、食品安全以及生命健康领域。