土地确权后有争议的土地，应首先通过协商、调解等方式解决争议。如果协商无果，当事人可以向当地县级以上人民政府申请处理，也可以直接向人民法院起诉。
一、协商调解
土地确权后，如果发现有争议的土地，双方当事人应首先尝试通过协商、调解等方式解决争议。这包括与邻居、村委会等相关方进行面对面的沟通，了解各自的诉求和意见，寻找双方都能接受的解决方案。
二、申请政府处理
如果协商调解无果，当事人可以向当地县级以上人民政府申请处理。在处理过程中，政府会根据相关法律法规和政策规定，对争议土地进行调查、核实，并作出处理决定。当事人应当提供充分的证据材料，支持自己的主张。
三、向人民法院起诉
如果当事人对政府处理决定不服，或者认为政府未能及时、公正地处理争议，也可以直接向人民法院起诉。在诉讼过程中，法院将依法对争议土地进行审理，并作出判决。当事人应当遵循法院的诉讼程序，提供必要的证据和材料。
四、注意事项
在处理土地争议时，当事人应当注意以下几点：
1.遵守法律法规和政策规定，不得采取暴力、威胁等非法手段解决争议；
2.保留好相关证据和材料，以备不时之需；
3.在处理过程中保持冷静、理智，避免情绪化行为影响处理结果；
4.尊重政府和法院的权威和决定，遵守处理结果。
综上所述：
土地确权后有争议的土地，当事人应首先通过协商、调解等方式解决争议。如果协商无果，可以向政府申请处理或直接向人民法院起诉。在处理过程中，当事人应遵守法律法规和政策规定，保留好相关证据和材料，并尊重政府和法院的权威和决定。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》
第十四条规定：
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百二十三条规定：
起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
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