由于时代和阶级的局限，同盟会纲领存在着缺陷，它并不是一个彻底的民主义纲领：首先，它没有正面的、明确提出反对
帝国主义侵略以实现民族独立的口号，没有把斗争锋芒直接对准帝国主义，相反，却对帝国主义抱有某种程度的幻想。其次，民权主义虽然强调了要建立
民主共和国，却忽略了广大劳动群众在国家中的地位，因而难以使人民的民主权利得到真正的保证。同时，也没有明确的把汉族军阀、官僚、地主作为革命对象，从而给这部分人后来从内部和外部破坏革命以可乘之机。第三，它缺乏明确的足以动员广大农民群众力量的
土地革命纲领，也即缺乏彻底的反封建的纲领。政纲中虽提出“平均地权”的口号，但没有提出正确的解决办法，不能满足广大农民的土地要求，在革命中难以成为发动广大工农群众的理论武器。因此
列宁也说它是“如此漂亮而又如此模糊的经济革命”。