（1）毒性作用
人长期摄入含兽药残留的动物性食品后可造成药物蓄积。当达到一定浓度后，就会对人体产生毒性作用，如1998年发生在香港的盐酸克伦特罗（瘦肉精）中毒事件，因内地销往香港和深圳特区的商品猪肉中含有盐酸克伦特罗的残留而导致数十人发生心脑疾病。
（2）过敏反应
牛奶类食品中的青霉素类、四环素类和某些氨基糖苷类抗生素等残留会引起易感人体产生过敏反应（青霉素类残留还会引起变态反应），轻者出现皮肤瘙痒和荨麻疹，重者引起急性血管性水肿和休克，甚至死亡。
（3）三致作用
即为致癌、致畸、致突变作用。由于一些药物会损害组织细胞、诱发基因突变并且具有致癌活性，因而兽药残留的“三致”作用更应该引起我们的重视。如磺胺二甲嘧啶能诱发人的甲状腺癌；氯霉素能引起人骨髓造血机能损伤；磺胺类药物能破坏人的造血系统；甾体激素能引起幼女早熟、男孩女性化及妇女子宫癌；苯丙咪唑类有致畸胎作用；激素类物质进入人体，会明显影响人体的激素平衡，从而诱发疾病等。近些年来，我国癌症发病率增高、各种疑难病症不断发生，很难说和我国养殖业中抗菌药物和生长激素的滥用现象没有关系。
（4）导致病原菌产生耐药性
经常食用低剂量药物残留的食品可使细菌产生耐药性。动物在经常反复摄入某一种抗菌药物后体内将有一部分敏感菌株逐渐产生耐药性，成为耐药菌株，这些耐药菌株可通过动物性食品进入人体，当人患有这些耐药菌株引起的感染性疾病时，就会给临床治疗带来困难，甚至延误正常的治疗过程。
（5）对胃肠道菌群的影响
正常机体内寄生着大量菌群，如果长期与动物性食品中低剂量的抗菌药物残留接触，就会抑制或杀灭敏感菌，而耐药菌或条件性致病菌大量繁殖使人体内微生态平衡遭到破坏，机体易发生感染性疾病。
（6）对生态环境质量的影响
动物用药后，一些性质稳定的药物随粪便、尿被排泄到环境中后仍能稳定存在，从而造成环境中的药物残留。高铜、高锌等添加剂的应用，有机砷的大量使用，可造成土壤和水源的污染。
此外，药物残留还影响动物性食品的进出口贸易。许多国家把畜产品药物残留列为国际贸易中的技术壁垒措施之一，如果我国在残留监控方面做得不好的话，势必在动物性产品的国际竞争中处于劣势。
随着蛋鸭养殖业的现代化、集约化和规模化生产，兽药（包括兽药添加剂）在降低发病率与死亡率、提高饲料利用率、促生长和改善产品品质方面起到十分显著的作用，已成为现代畜牧业不可缺少的物质基础。但是，由于科学知识的缺乏和经济利益的驱使，滥用兽药和超标使用兽药的现象普遍存在。其后果，一方面是导致动物性食品中的兽药残留，摄入人体后影响人类的健康；另一方面，各种养殖场大量排泄物（包括粪便、尿等）向周围环境排放，兽药又成为环境污染物，给生态环境带来不利影响。
医学界已证实，畜禽产品中的抗生素、激素及其他合成药物的滥用与残留，往往与人类常见的癌症、畸形、抗药性、青少年性早熟、中老年心血管疾病等问题以及某些食物中毒有关。我国畜产品产量较大，但出口量却很小，如肉类出口仅占总产量的1%，化学药物残留超标是限制出口的一个很重要的原因，如不重视药物残留，最终也必将阻碍畜牧业的发展，更重要的是损害老百姓的身体健康。一些性质稳定的药物被排到环境后仍能稳定存在很长一段时间，造成环境中药物残留。这些残留药物通过畜产品和环境慢慢蓄积于人体和其他植物中，最终汇集于人体，导致人体耐药菌的增加，失去对某些疾病的抵抗力，或因大量蓄积而对畜体产生毒害作用。
（1）毒理作用
兽药残留的浓度通常很低，发生急性中毒的可能性较小，长期食用常引起慢性中毒和蓄积毒性。
（2）“三致”作用
即致癌、致畸、致突变作用，这种药物的残留超标，将严重影响人类的健康。
（3）变态反应
一些抗菌药物如青霉素、磺胺类、氨基糖苷类和四环素类能引起变态反应。青霉素类药物使用广泛，其代谢和降解产物具有很强的致敏作用。喹诺酮类药物也可引起变态反应和光敏反应。轻度的变态反应仅引起荨麻疹、皮炎、发热等，严重的导致休克，甚至危及生命。
（4）对胃肠道微生物影响
在正常情况下，人体的胃肠道存在大量菌群，这些菌群互相拮抗、制约以维持平衡。如果长期接触有抗微生物药物残留的动物性食品，部分敏感菌群受到抑制或杀死，耐药菌或条件性致病菌大量繁殖，微生物平衡遭到破坏，引起疾病的发生，损害人类的健康。
（5）诱导耐药菌株
抗微生物药物的广泛使用，特别是在饲料中长期亚治疗剂量添加抗微生物药物，易于诱导耐药菌株。动物源的耐药菌株可以向人传播，人们长期接触有抗微生物药物残留的动物性食品，也会直接诱导人体内的耐药菌株。
（6）激素样作用
性激素及其类似物主要包括甾类同化激素和非甾类同化激素，将其作为畜禽促生长剂。肝、肾和注射或埋植部位常有大量同化激素存在，被人食用后可产生一系列激素样作用，潜在的致癌性、发育毒性（儿童早熟）、女性男性化和男性女化性。近年来我国常有儿童性早熟的报道，这与养殖业中非法使用性激素作促生长剂致使其残留于动物食品中有关。
（7）生态环境毒性
兽药及其代谢产物通过粪便、尿等进入环境，由于仍具生物活性，对周围环境有潜在的毒性，会对土壤微生物、水生生物及昆虫等造成影响。进入环境中的兽药被动、植物富集，然后进入食物链，同样危害人类的健康。
（8）影响畜禽产品出口贸易
近年，我国畜禽产品开始进入国际市场，但由于兽药残留超标被某些国家退货、销毁、索赔甚至终止贸易往来，不仅使我国蒙受了巨大的经济损失，也使我国畜禽产品丧失了良好信誉，严重影响了畜禽产品的出口贸易。我国加入WTO后，国际贸易中的非贸易性技术堡垒现象，使我国畜禽产品的出口面临更加激烈的竞争环境。如不能很好地控制兽药残留，畜禽产品的出口贸易将是困难重重。
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