法律分析：看具体情况定。三方协议上面有填写档案的去留地方，如果公司有档案保存权，则可以填写转到公司，那么档案会转去公司；如公司没有档案保存权，则可以和公司协商转去公司所在地的人才市场；如实在不想转去单位也可以打回原籍自行处理。 三方协议是《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。
法律依据：《中华人民共和国档案法实施办法》第九条：机关、团体、企业事业单位和其他组织的档案机构依照《档案法》第七条的规定，履行下列职责：
（一）贯彻执行有关法律、法规和国家有关方针政策，建立、健全本单位的档案工作规章制度；
（二）指导本单位文件、资料的形成、积累和归档工作；
（三）统一管理本单位的档案，并按照规定向有关档案馆移交档案；
（四）监督、指导所属机构的档案工作。