合同到期员工患有重大疾病公司不续签合同，可以通过以下方法拿到应有的赔偿：
1、向当地劳动保障监察机构投诉举报；
2、向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，需要注意的是，要在劳动争议发生之日起60日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请；
3、通过诉讼途径解决，针对劳动纠纷案件，经劳动仲裁后任何一方不服的，可以向法院提起诉讼，经仲裁后都服从，劳动仲裁裁决生效后，用人单位不执行的，农民工可申请法院强制执行，属于劳务欠款类的可直接向法院提起民事诉讼。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动合同法》
第四十二条 劳动者有下列情形之一的，用人单位不得依照本法第四十条 、第四十一条 的规定解除劳动合同：
（一）从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的；
（二）在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的；
（三）患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的；
（四）女职工在孕期、产期、哺乳期的；
（五）在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的；
（六）法律、行政法规规定的其他情形。第四十五条 劳动合同期满，有本法第四十二条 规定情形之一的，劳动合同应当续延至相应的情形消失时终止。但是，本法第四十二条 第二项规定丧失或者部分丧失劳动能力劳动者的劳动合同的终止，按照国家有关工伤保险的规定执行。第四十六条 有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条 规定解除劳动合同的；
（二）用人单位依照本法第三十六条 规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
（三）用人单位依照本法第四十条 规定解除劳动合同的；
（四）用人单位依照本法第四十一条 第一款规定解除劳动合同的；
（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条 第一项规定终止固定期限劳动合同的；
（六）依照本法第四十四条 第四项、第五项规定终止劳动合同的；
（七）法律、行政法规规定的其他情形。第四十七条 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。第四十八条 用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条 规定支付赔偿金。第八十七条 用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条 规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
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