铁路和公路南京南站“合二为一”吸引了大量的车流、人流，为缓解交通压力，车站设计了长途客车单向行驶车道和公交车专用疏散通道。
广场东西两侧的出租车停车泊位达730个，社会车停车泊位达2348个。在南京南站综合交通枢纽大致600米范围内，铁路、地铁、公路客运、公交、出租车5大交通体系全在里面了，而通过200多部电梯，这5大交通体系完全连接在一起，真正意义实现“零换乘”。
南京南站将通过拓宽四条现有道路与外界相联，在南京南站核心范围内形成两纵两横快速路网。根据现有设计方案，南京绕城高速、南京机场高速、宁溧路、宏运大道都将进行拓宽改造。
南京绕城高速拓宽改造，其中机场路到宁溧路段将全线建成高架，通过匝道和南京南站北部高架连结，满足过境交通和南京南站交通快速集散的需求。宁溧路改造后，京沪高铁以南至宏运大道将全线建成高架，并通过改造双龙街立交，增加道路通行能力和车站交通疏散能力。宏运大道将局部进行透堑式改造，即将快车道和慢车道分离，加快南京南站地区进出道路的通行能力。
南京南站内部建立五纵四横主干路，并在广场四个角设立大转盘疏散车辆。此外，在玉兰路、宏运大道、站东路、站西路、宁溧路上设置公交干线。 南京地铁1号线（运营中），可前往新街口、南京站等。
南京地铁3号线（运营中），可前往夫子庙、浦口区等。
南京地铁S1号线（运营中），可前往江宁经济开发区、禄口机场等。
南京地铁S3号线（建设中），可前往浦口区等。
南京南站地下负二层，共将联结南京地铁1号线、南京地铁3号线、南京地铁S1号线以及南京地铁S3号线，与南京站一样，上下出口直接换乘。南京南站地面一层为换乘广场，广场中心区域就是地铁的进出站口；南北两侧为公交上客区，东西两侧各设出租、社会车辆的上客区；广场南侧还有一个南京禄口国际机场快客停靠带，可直接去南京禄口国际机场；公路客运南站设在铁路南京南站的南广场。
南京南站南北广场均设有公交站场，北广场公交站面积1.7万平方米，可安排18至20条公交线路；南广场设公交、团体车辆停车场，其中公交车站场面积8000平方米，可安排9至10条公交线路，车站东西两侧都设有公交车行驶的专用疏解通道。
（一）衔接主城方向（含河西方向）的线路
19路，育才公寓至南京南站，服务时间为：育才公寓6:00—22:00；南京南站5:15—21:15。
84路，南京理工大至南京南站，服务时间：南京南站5:20—21:20，南京理工大6:00—22:00。
129路，东宝路至南京南站，服务时间为东宝路5:00—21:00；南京南站6:00—22:00。
181路区间，光卡路至南京南站，服务时间为光卡路6：30—22：15；南京南站6：45—22：30。沿途可换乘的线路有46路、99路、112路、120路、27路、84路、103路、118路、126路、63路、301路等10余条线路。
190路：南京站·南广场东至南京南站，服务时间为南京站·南广场东6:30—23:00；南京南站5:40—22:00。
（二）衔接江宁方向的线路
119路：武夷绿洲至南京南站，服务时间为武夷绿洲5:30—20:30；南京南站6:00—21:00。
791路：众彩物流中心至南京南站，服务时间为众彩物流中心6:00—19:30；南京南站6:40—20:00。
792路：出口加工区客运站至南京南站，服务时间为出口加工区客运站6:30—22:00；南京南站6:00—22:00。
南京禄口国际机场位于南京市江宁区禄口街道，是江苏省和南京市的门户，是国家主要干线机场、华东地区的主要货运机场，与上海虹桥机场、浦东机场互为备降机场，位列全国千万级大型机场行列，是国家大型枢纽机场、中国航空货物中心和快件集散中心，国家区域交通枢纽。
禄口国际机场于1995年2月28日正式开工，1997年7月1日正式通航，2005年被世界卫生组织授予国际卫生机场称号。至2013年底，已开通通往60个国内主要城市、20个国际和3个地区城市的140余条航线。
截至2014年底，禄口机场有3600米跑道两条，航站楼两座，总面积超过40万平方米，机坪面积近110万平方米，规模居华东第三。 南京汽车客运南站位于南京市雨花台区玉兰路98号。是南京南部新城核心，比邻亚洲最大高铁站南京南站，是站运分离的一级社会公用型车站， 是中国首家实现火车、长途客运、地铁、市内公交、出租车、社会车辆等6种运输方式无缝链接和零距离换乘的新型智能化综合枢纽汽车客运站， 列为国家重点示范工程。
南京汽车客运南站是一级客运站，设有发车位23个，检票口21个，售票窗口22个，配备直升电梯及多部扶手电梯。营运班线辐射范围覆盖六省，平均日发送旅客约15000人次，发送班车780个班次。
