农村的自建房如果想加盖2层的话，必须手续齐全。只要由审批手续，就不违法。各地对这方面的规定都不一样，有些地方要求拿到相关部门的审批文书、而有些地方只需要村委签字同意，有些地方则只需是自己名下的
宅基地可。
农民建房申请宅基地的审批程序：
1、农村村民建住宅，首先向
集体经济组织提出申请或城管部门提出申请；
2、村集体经济组织对申请建房户在醒目的地方进行张榜公示(15个工作日以上)；
3、国土资源管理所及镇社会事务办公室到实地对申请人是否符合条件，拟用地是否符合规划等进行初审；
4、公布期满无异议后，将符合“一户一基”条件的用地户按规定报乡镇人民政府审核后，报县人民政府审批(占用
农用地的按规定报市政府办理农用地转用审批手续)。
5、宅基地批准后，国土资源所及镇社会事务办公室到实地批放宅基地，并发放选址意见书，规划许可证，
施工许可证(“一书两证”)。
6、村民住宅建成后，国土资源所到实地检查是否按批准面积和要求使用土地，对符合要求的建房户核发集体
土地使用证书。
7、村民凭土地使用证及规划许可证申请办理
房屋所有权证。
城乡二元结构的管理体制的缺陷。
我们的行政管理把更多的资源、经费和精力投到城市，而忽视了对农村的投人。农村管理的触角不够多，很多地方都成为管理的死角。
1、是农村建房管理方面缺少操作性强的法律、法规和政策。
2、是农村建设规划存在漏洞。农民不按规划建房.有的农民受“风水”意识的影响，特别是山区的一些房屋建设时喜欢选择在依山傍水的集雨地带或风口道边建房，一旦洪水暴发，灾难在所难免;
还有一些农民按自己的建房时间表操作，并且不是成排房子一起建造，而是建造两间地基的“顶天立地”式楼房。
3、是农村的
管理体系比较薄弱。监管的力度小，农民就存在一种侥幸心理，利用监管部门的漏洞，逃避审批。农村的实际情况与城市不同，导致农村建筑市场监管长期存在“缺位”。农村建筑安全监管主要由建设主管部门负责，而专门负责这一块工作的人手十分有限。