清代康熙皇帝南巡至杭州,游灵隐寺并赐名“云林禅寺”。此事曾生出一段趣闻。相传康熙皇帝来到灵隐寺,观这千年古刹气度非凡。乘着皇帝雅兴正浓,寺内主持谛晖就请康熙皇帝赐写匾额,以彰殊宠。于是皇上应允,便提笔亲书。不料兴致过甚,手势未能控制如意,几笔下去,竟将“霓”字上头的“雨”字写得太大,已占去大半,康熙捏着毛笔,心中踌躇,若写的不好,岂不成为笑柄;若重新写过,又有失帝王身份。边上站着的大学士高士奇看在眼里,心中已想出个办法,但却不好说出来,所以故装作为他磨墨,将已写在手心上的“云林”二字暗中示给皇帝。康熙见之,心领神会,于是就在这“雨”字之下写了个“云”,由于这个字笔画少,则正好合成一个比例匀称的“A”字,遂改为“云林禅寺”了,美其名曰“赐名”。但是,这个故事是后来好事者编造出来的,其实志书上说,康熙在灵隐寺“亲洒宸翰书‘云林’二字,赐名‘云林禅寺’”。可见他是有意识的“赐名”。并不是一时失手补救,因为堂堂一位大清皇帝,绝不会照样写“灵隐寺”的。
由于天灾人祸,灵隐寺虽古,但其建筑未能保存下来,如今的建筑多为民国前后,乃至解放以后重建。如大雄宝殿,为1910年重修,后面的药师殿则完成于1991年。但大雄宝殿前的一对石塔是北宋建隆元年(960)所造之原物,天王殿前的一对石经幢则是北宋开宝二年(969)所造之原物。