清代康熙皇帝南巡至杭州，游灵隐寺并赐名“云林禅寺”。此事曾生出一段趣闻。相传康熙皇帝来到灵隐寺，观这千年古刹气度非凡。乘着皇帝雅兴正浓，寺内主持谛晖就请康熙皇帝赐写匾额，以彰殊宠。于是皇上应允，便提笔亲书。不料兴致过甚，手势未能控制如意，几笔下去，竟将“霓”字上头的“雨”字写得太大，已占去大半，康熙捏着毛笔，心中踌躇，若写的不好，岂不成为笑柄；若重新写过，又有失帝王身份。边上站着的大学士高士奇看在眼里，心中已想出个办法，但却不好说出来，所以故装作为他磨墨，将已写在手心上的“云林”二字暗中示给皇帝。康熙见之，心领神会，于是就在这“雨”字之下写了个“云”，由于这个字笔画少，则正好合成一个比例匀称的“A”字，遂改为“云林禅寺”了，美其名曰“赐名”。但是，这个故事是后来好事者编造出来的，其实志书上说，康熙在灵隐寺“亲洒宸翰书‘云林’二字，赐名‘云林禅寺’”。可见他是有意识的“赐名”。并不是一时失手补救，因为堂堂一位大清皇帝，绝不会照样写“灵隐寺”的。
由于天灾人祸，灵隐寺虽古，但其建筑未能保存下来，如今的建筑多为民国前后，乃至解放以后重建。如大雄宝殿，为1910年重修，后面的药师殿则完成于1991年。但大雄宝殿前的一对石塔是北宋建隆元年(960)所造之原物，天王殿前的一对石经幢则是北宋开宝二年(969)所造之原物。