1876年初，刘锦棠再至兰州，左宗棠与他晤谈再四。他们仔细研究了新疆地图，分析了新疆的形势，最后确定坚决执行“先北后南”的作战方针。
早在1874年，乌鲁木齐都统景廉就有对天山南北两路同时发起攻击的三路并进作战方案。1875年，清廷又指示要南北分兵并取。左宗棠考虑到清军出关作战的第一期目标是阿古柏和他的附庸白彦虎、马人得，而不是伊犁地区的沙俄军队，阿古柏的主力在南疆而不是北疆，论地理形势北疆可以控制南疆，而南疆却不能控制北疆，所以主张先北后南。他想充分利用清军仍然控制的北疆哈密、巴里坤、古城、济本萨等要点，作为西征军的进攻出发地和补给地，一举攻占乌鲁木齐，扼住新疆总要，然后南攻阿古柏主力，西阻伊犁俄军东窥。
左宗棠还将西征军如何进攻乌鲁木齐，防堵白彦虎窜扰脱走的设想告诉了刘锦棠。最后他对刘锦棠说：你率部西征，前敌的一切事情都由你相机办理，我不想在几千里之外控制你，但一定要遵守“先北后南”的作战方针。