盗墓作为一个古老的行业，帝王陵自然成了其重要下手目标。，我国历代帝王陵，除了找不到的元朝皇帝陵，尚算完好的武则天乾陵、明十三陵外，皇帝的陵墓基本上都被盗墓贼光顾过。
明代十三陵是位于北京昌平县境内天寿山南麓，是明成祖朱棣迁都北京后，十三位皇帝的埋葬处。这十三座陵寝构均依山为陵，规模宏大、气势磅薄。明亡后三百多年的时间里，这些陵墓一直保存完好。直到20世纪50年代中期，郭沫若、吴晗等几位文化界人士联合签名上书挖掘明代皇帝皇陵的考古计划，并得到了批准。
起初，明成祖朱棣的长陵是首选目标，由于调查工作进展得不顺利，才转而把目光投向了万历皇帝的定陵。万历皇帝朱翊钧是明朝在位最长的皇帝，他在位48年的时间里，有28年时间是隐居深宫，从不上朝，一切政令的下发执行都是通过司礼监与内阁沟通。
1956年5月，定陵的挖掘工作正式开始。次年的5月，考古队终于穿透厚厚的土层，找到了万历皇帝入葬时的入口。打开金刚墙后，地宫大门完全暴露在考古队面前。一位考古人员后来回忆道“地宫里面太寂静了，静得让人心里发慌，一股难以名状的恐怖与凄凉之感渗入骨髓……”
万历的陵墓地宫由前殿、中殿和后殿组成。中殿摆放着一张用石头雕刻而成的座椅，座椅上雕有龙纹图案。座椅的前面放置一口盛满了黄蜡的大瓷缸，这就是民间传说中提到的万年灯，不过，不知何时早已熄灭。
在一番精心的准备后，考古人员打开了万历的棺椁。打开棺材以后，只见它凸凹不平，上面盖着一层金被，金被也部分糟朽腐烂了。考古人员开始对棺椁内的文物进行逐层清理，一直清理到第11层，才找到了万历皇帝的尸骸。
万历帝朱翊钧的尸骨被放置在一条锦被上，其尸体头西脚东仰卧，肌肉已腐烂，仅剩骨架。其面向上，头顶微向右偏，右臂向上弯曲，手则放在头的右侧，左臂下垂，略向内弯，手放在其腹部，手中还拿着念珠一串。右腿稍弯曲，左腿直伸，两脚向外撇开。
通过骨骼测量得知，头顶至左脚长1.64米，他的两脚长短不一，右腿明显比左腿短。而《明神宗实录》记载了万历皇帝的一道诏谕：“朕自夏至秋，感受湿热熏蒸，致令 *** 及足生有湿毒，坐亦不能坐，又兼流痰下注，足心作痛，且不时眩晕，步履甚艰。”据明代笔记小说《万历野获编》所载，万历皇帝曾做到被老虎咬到脚。俗话说，日有所思夜有所梦，这也侧面证明了他患有足疾。
由此可见，万历皇帝多年不上朝，国本之争只是一方面，身患足疾，行动不便也占很大的原因。想象一下，皇帝一瘸一拐地走上金銮殿，这是多没面子的事情。但是明朝的大臣也挺闹腾的，万历不上朝被指责是沉迷酒色，实在是天大的冤枉。这个秘密是发掘之初所没有预料到的，不但解决了困扰世人300多年的疑惑，也洗刷了万历皇帝的冤屈。