水质性缺水是指有可资利用的水资源，但这些水资源由于受到各种污染，致使水质恶化不能使用而缺水。水质性缺水不是水量不足，也不是供水工程滞后，而是大量排放的废污水造成淡水资源受污染而短缺的现象。世界上许多人口大国如中国、印度、巴基斯坦、墨西哥、中东和北非的一些国家都不同程度地存在着水质性缺水的问题。
我国本属于资源性缺水国家，长期以来我国重经济、轻环保，众多河流、湖泊水库和地下水被污染状况触目惊心，由此而造成的水质性缺水与本已存在的资源性缺水彼此叠加，使我国缺水状况雪上加霜。
水污染的加剧，使得我国水质性缺水的城市数量呈上升趋势，严重的缺水城市主要集中在华北和沿海地区，并已蔓延到南方地区。上海和广州就是两个典型的水质性缺水城市，它们守着终年波涛滚滚的黄浦江和珠江却不得不到青浦县的淀山湖、宝山区陈行水库或上溯几十千米的上游取水，因为黄浦江和珠江水质严重污染，即便加强自来水工艺处理，出水仍然有令人难以接受的异味。自引滦入津工程之后，又陆续有许多大型的远距离引水或跨流域调水工程，如：引碧入连、引黄济青、引黄入晋、引沂入淮、引松入长等等，就其实质而言，大多是由于城市污水污染水源造成水质性缺水所致。
我国珠江三角洲地区，尽管水量丰富，身在水乡，由于河道水体受污染、冬春枯水期又受咸潮影响，水土资源过度开发，水土流失严重，清洁水源严重不足，已出现水质性缺水问题。引起水源不足的因素，除资源分配不均以及人口规模庞大需求量大外，一个最不能忽略的原因就是水源的污染。随着珠三角近30年经济上的迅猛发展，大量的工业废水、生活污水，也随之渐渐侵蚀着这些河流的健康肌体。有水利专家感慨地说，在珠三角流域，几乎已经很难找到一条还没被污染的河流了。珠三角地区的广东省，主要江河控断面水质优良率仅为57.6%，城镇污水处理率仅为40.2%，大中城市河段污染较为严重，生态环境建设及生态恢复能力不足，部分水库水质呈现富营养化状态，水生生态受到不同程度影响。