1、小水电自身竞争力不强，在许多地方，其经济可行性较差，技术水平不高。尤其是和传统大电力相比仍处于相对弱势。仅靠一般优惠政策，力度不够，与各方面关联性不强，就难以推动其大规模、快速发展。如印尼，小水电的电能销售，需要由政府补贴27%以上，长期实行，使政府负担很重，就成为了障碍。
2、在全面市场经济环境下，小水电的宏观社会、经济和生态效益，对具体项目投资人（包括公、私投资方）不带来直接效益。许多发展中国家的学者已经提出小水电（及可再生能源）应当采取“政府导向、市场推动”的原则。宏观效益的受益者是政府和全社会，而政府调控和反馈到小水电发展的力度不够，其发展也会受阻。特别是“反馈”到多少才有效，这是一门大学问，目前尚未见国外有所论述。在我国，小水电能够发展到如此巨大规模，最根本的政策因素应该是中央政府最高层的高度重视，把小水电列为农村电气化的重要能源，又把农村电气化纳入国家解决“三农”问题的大政策和整套策略。如何推广这个高层决策经验，大概不是小水电从业人员单独能解决的。
3、宏观效益的另一个问题是如何量化计算水电项目中非电力效益，如防洪、水产养殖、灌溉、供水、旅游等，并纳入国家法令、政策，这是一个全世界尚未解决的问题。更别说把环境补偿、燃料运输等成本纳入传统化石燃料中，使其与小水电处于公平竞争环境了！
4、小水电在国外也称为“从水到（输电）线”（Water to Wire）工程，它既属于水又属于电。资源与开发属水，电能输出与销售归电。二者关系协调不好，常成为小水电发展的主要障碍。此外，还牵涉更多其他经济部门，也需协调。小水电激励政策如果仅限于小水电范畴，有时很难奏效。如中国小水电发展50多年来的三个阶段中遭遇了6次危机。只有经过中央政府直接协调各部门关系，不断调整政策，才做到了持续高速发展。如果你的小水电要联入电网，在电网准入、上网电量、电价等方面达不成协议，那就发展不了。更有甚者，如荷兰，其防洪、航运、渔业、旅游、环境任何一个部都可以否决一个小水电项目。加之荷兰全国电力不缺，人均享有装机已达1kW，这就是其小水电难以发展的原因。进入发展“绿色能源”时代，他们想借助这个重大“利好”，把小水电推上去。
从中国的经验看，若没有中央政府最高层的直接支持和协调，小水电的困境是显而易见的。但在许多发展中国家，小水电在农村经济发展中的作用和地位，可能还提不到如此重要的地位。
5、许多发展中国家在小水电开发资金方面对国际金融机构依赖程度较高，而这些机构投（融）资的手续十分复杂、严格，如满足其要求，则将大大增加前期工作费用（有时可达项目投资的15%左右），这使得项目经济上不可行。如不满足其要求，则往往被否决，使许多小水电项目不能得到开发。
6、二十世纪九十年代亚洲金融危机及少数国家的政治动乱也影响了小水电的发展，再次证明了“稳定是发展的保证”这一真理。
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