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    • 如何根据RPKM值求差异表达基因

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    RPKM、FPKM 和 TPM,解释清楚答：000,000，得到每百万比例因子；然后，将读数除以这个比例因子，得到每百万读数(RPM)；最后，将RPM值除以基因长度（以千碱基计），就得到了RPKM，它为单端RNA-seq提供了表达度的直观度量。
    RPKM, FPKM 和 TPM答：因此在比较不同样本中基因的差异表达时，首先需要对read counts数据进行标准化，即对基因长度和测序深度进行标准化。目前常用RPKM (Reads Per Kilobase Million), FPKM (Fragments Per Kilobase Million) 和 TPM (Transcripts Per Million)作为标准化数值。RPKM的计算分两步:FPKM与RPKM的计算过程相同，只是...
    RNA-seq摸索:3.基因表达水平分析→featureCounts计量→差异表达分析及可...答：TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似，首先使用式2计算每个基因的表达值，去除基因长度的影响。随后计算每个基因的表达量的百分比，最后再乘以10^6，TPM可以看作是RPKM/FPKM值的百分比。TPM值就是RPKM的百分比 相当于重新标准化的文库，保证每个样本中所有TPM的总和是相同的。raw count 作为原始的read计数矩阵...
    RPKM、FPKM、TPM详解答：这个差异会造成什么样的影响呢？由于RNA-seq就是为了通过比较不同样本间的标准化后的Read数差异来得出基因表达量差异的结果的，那么不同样本的加总RPKM不同，就会导致无法通过直接比较RPKM值确定两者的差异。举例来说，在不考虑统计差异的情况下，以基因A为例，Rep1的RPKM值为1.43，Rep3的RPKM值是1....
    RNA-Seq 数据的定量之RPKM和FPKM答：在面临这些比较问题的时候，我们就需要对mapping到gene的reads count进行矫正，至少根据问题1我们知道应该在矫正的时候考虑过gene长度的问题；根据问题2，我们大概应该能够猜想到，矫正的时候应该需要考虑整体测序量的问题。到此，RPKM和FPKM这两个指标就应运而生了。RPKM = Reads Per Kilobase per Million ...
    RPKM、FPKM、TPM计算公式答：基因表达量的衡量指标有：RPKM、FPKM、TPM。RPKM： Reads Per Kilobase Million=Reads Per Kilobase Per Million Reads，即每一百万条Reads中，对基因的每1000个Base而言，比对到该1000个base的Reads数。FPKM： Fragments Per Kilobase Million=Fragments Per Kilobase Per Million Reads。FPKM与RPKM的区别...
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