两者区别在如下几个方面：
(1)总的来看，两者结果相近，尤其是当有作用较强、且有统计学意义的研究因素存在时。
(2)MA法的局限在于别人发表了哪些结果，MA只好综合哪些结果，而PA则容易做更深入或广泛的分析研究。或者说，那些没有出现在已发表文章中的结果或研究内容，利用PA可以做进一步的分析。
(3)在做亚组分析方面，PA要优于MA。
(4)若是检验一些新的假设，尤其是当只有少数的几个研究可以利用来做综合分析时，MA比较困难，而PA可以做到。
(5)在文献收集、数据合并和再分析等方面，PA要比MA花费更多的时间、人
力和物力。
(6)PA对
偏倚更加敏感。一方面，被纳入PA的研究单位近期的研究数据可能容易收集到，而远期(过去)的研究数据的收集则有一定难度，尤其是数据投有计算机化的研究单位或研究者。另一方面，也许有部分研究者他们本身就不愿意提供其研究的原始数据，这样就更容易带来偏性。