为了保护未来的木叶，更是为了自己的弟弟——宇智波佐助
在战乱的一段时间过后，宇智波一族生活在了木叶村。但由于他们的成员并不允许干涉国家大事，也很少与外界交流，就慢慢被人们所淡化和遗忘。其中就有人不甘现在的生活，想要恢复家族的名声和地位，有了叛变的企图。其中就以鼬的父母为首。但当时鼬已经成为木叶的暗部成员之一，同时也了解到了家族人计划发动战争的事情，木叶高层要求他阻止这场叛乱，即命令他杀死全族人。在一族与木叶村的和平之间，鼬接受了这个任务，因为他不想让更多人受到战争的伤害。可以想像，当时鼬的心情。因为他要执行的任务是杀掉和自己生活了十多年的同族人，还有自己深爱的亲人，甚至有自己挚爱的弟弟佐助。
因为鼬从小就看到过因战乱而造成的伤害，培养了他的那一颗热爱和平的心，此时此刻他正面临和平和挚亲的选择，最终他忍痛割爱，选择了为和平杀死族人。
于是鼬在一夜之间将宇智波一族全族的人杀死，惟独留下了他挚爱的弟弟，并故意让弟弟看见族人和父母倒在血泊中，但又因无法向年幼的佐助说明实情，就故意骗他说是自己为了测量容器杀死族人，原因是，他想让佐助仇恨自己，报着杀死自己的决心，在今后的残酷的战争中生存下来，而鼬自己却愿意背负一切恶名，成为木叶的叛忍。在漫画403话佐助的回忆中，原来，在鼬在离开的时候被佐助追上，佐助看到一族遭到全灭，内心深受刺激，而佐助的写轮眼也因此开启！佐助用苦无将正在离开的鼬的护额射下，鼬拾起护额，重新戴上。在那时，佐助看到了——鼬，他的哥哥，留下了眼泪。后来佐助因之前的伤势而昏了过去。鼬从此也就离开了木叶忍者村。加入“晓”（加入晓的目的也是监视晓不能攻打木叶村。根据斑的描述，鼬在晓的时候常会回忆起村子还有他最爱的弟弟）。首先明确一点，鼬是伟大的，他用他的一生来维护和平，并为自己的弟弟付出了一切。（漫画写着：即使是在绝望的尽头，那眼光（指佐助）依然映着唯一的希望。）
参考资料：
http://baike.baidu.com/view/25826.html?wtp=tt#9