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所有的集数请参照括号内，加粗的为重要部分，其余集数几乎都只是开头和结尾涉及主线。
648（699） 侦探事务所受困事件（爆发）
649（700） 侦探事务所受困事件（狙击）
650（701） 侦探事务所受困事件（解放）
刚出场的世良真纯与柯南共同解决了一个案件。
651（702~703） 柯南VS平次 东西侦探推理对决★ F/X
FBI的詹姆斯第一眼就看出世良是女孩，朱蒂感觉世良的眼睛和一个人很像，为世良的身份埋伏笔。
656（708） 博士的视频网站（前篇）
657（709） 博士的视频网站（后篇）
世良密切关注着灰原，似乎有点可疑。
667（719） 婚礼前夕（前篇）
668（720） 婚礼前夕（后篇）
自称侦探的安室透登场，推理和身手都不简单，事件解决后主动拜小五郎为师。
671（723） 侦探们的夜想曲（事件）
672（724） 侦探们的夜想曲（诱拐）
673（725） 侦探们的夜想曲（推理）
674（726） 侦探们的夜想曲（波本） B
安室、世良、冲矢参与从强盗手中救出柯南的行动。事后贝尔摩得联络波本，三人几乎同时接听电话或带上耳机，暗示波本就是这三人其中之一。冲矢的一句“不要露出那种表情”让哀相当在意。安室似乎见过世良。
675（727） 一丁点都不原谅（前篇）
676（728） 一丁点都不原谅（后篇）
世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤男的存在后对其相当关注。
哀想起冲矢的那句话和曾在组织卧底的诸星大（即秀一）的用语十分相似，之后哀对冲矢逐渐信任。
681（733） 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）
682（734） 以性命为赌注的恋爱转播（走投无路）
683（735） 以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）
安室为高木的指导官伊达航扫墓，暗示安室与伊达曾是朋友，为安室的真实身份埋下伏笔。
684（736） 泡沫、蒸汽和烟（前篇）
685（737） 泡沫、蒸汽和烟（后篇）
哀感觉冲矢的颈部藏着某个秘密，想一探究竟却被冲矢昴阻止。
690（742） 工藤优作未解决的事件（前篇）
691（743） 工藤优作未解决的事件（后篇）
世良在新一家发现女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份。后根据柯南的叙述得知女性线索柯南为有希子所留。冲矢得知柯南真实身份是新一。最后世良含泪回望柯南和兰，内心独白“果然我是个坏孩子呢”。
699（751） 逼近灰原秘密的暗影（前篇）
700（752） 逼近灰原秘密的暗影（后篇） B
少年侦探团等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，光彦拍下了灰原变大视频发送到毛利侦探事务所，结果被世良、安室、冲矢得知灰原将搭乘神秘列车。
701（753） 漆黑的特快列车（发车） B/K
702（754） 漆黑的特快列车（隧道） B/K
703（755） 漆黑的特快列车（交叉） B/K
704（756） 漆黑的特快列车（终点） B/K
组织计划在神秘列车上杀死雪莉，贝尔摩德假扮成伤疤赤井潜入列车。灰原收到贝尔摩德发来的恐吓邮件后离开包厢，受到侵入其手机的冲矢昴“到我的领地来”的邀请，后被工藤有希子保护。世良遇见假赤井秀一后被电晕，但被冲矢昴带回包厢。柯南揭穿怪盗基德身份后委托他假扮成宫野志保。贝尔摩德扔掉了有希子的变装工具，并引发排烟装置，安室透配合谎称车上发生火灾。柯南误导贝尔摩德以为组织计划进展顺利。“宫野志保”逃到列车尾部，安室对其揭晓自己的波本身份，确认之前的伤疤赤井是波本为了调查赤井生死而假扮，他也确认了赤井的死亡。安室将“宫野志保”逼入最后一节车厢，身后突然出现的无疤赤井扔出手榴弹，车厢脱离后贝尔摩德引爆了炸弹，怪盗基德乘滑翔翼逃离。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的绿色眼睛。
705（757） 密室中的柯南 B
706（758） 解谜的波本 B
安室发现柯南使用麻醉针。贝尔摩得劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”（实际是对柯南）产生兴趣。
722（774） 香甜冰冷的快递（前篇）
723（775） 香甜冰冷的快递（后篇）
安室救少年侦探团于险境，冲矢通过楼上的窗户目送他离开。
724（776） 怪盗基德与赤面人鱼（前篇）
725（777） 怪盗基德与赤面人鱼（后篇）
世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727（779） 装满水果的宝箱（前篇）
728（780） 装满水果的宝箱（后篇）
兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
731（783） 现场的邻居是前男友（前篇）
732（784） 现场的邻居是前男友（后篇）
宫本由美的前男友将棋高手羽田秀吉表现出很强的记忆推理能力，还知道柯南不一般。
734（786~787） 茱蒂的追忆与赏花的陷阱★ B/F
柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
738（791） 小五郎在酒吧里（前篇）
739（792） 小五郎在酒吧里（后篇） B
740（793） 小兰也倒在浴室里了（前篇） B
741（794） 小兰也倒在浴室里了（后篇）
柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩得假扮。
波本观察着柯南的举动。
744（797） 嫌疑人是京极真吗（前篇）
745（798） 嫌疑人是京极真吗（后篇）
世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥也了解柯南的推理能力，询问世良是否见到了“魔法师”。
751（804） 招财三色猫事件（前篇）
752（805） 招财三色猫事件（后篇）
波本再次登场，灰原再次躲避。
754（807） 赤女的惨剧（雾气）
755（808） 赤女的惨剧（恶灵）
756（809） 赤女的惨剧（复仇）
世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女似乎身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”，并破坏了柯南安装的窃听器。
759（812） 结局惊人的恋爱小说（前篇）
760（813） 结局惊人的恋爱小说（后篇）
柯南在人群中见到了照片中的少女，却又在一瞬间消失了。
770（823） 气氛僵硬的茶会（前篇）B
771（824） 气氛僵硬的茶会（后篇）B
波本到杯户中央医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号为“零”，回忆中出现一位长发女性（哀的母亲）
779（832） 绯色的序章 B/F
780（833） 绯色的追寻 B/F
781（834） 绯色的交错 B/F
782（835） 绯色的回归 B/F
783（836） 绯色的真相 B/F/C
波本在贝尔摩得的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了波本的真名为降谷零，真实身份为公安警察卧底身。冲矢昴确认为秀一易容，但安室只知道赤井未死。最后基尔发来的组织NO.2朗姆出动的急报。
785（838） 太阁之恋名人战（前篇）
786（839） 太阁之恋名人战（后篇）
787（840） 沉入盛夏泳池的谜（前篇）
788（841） 沉入盛夏泳池的谜（后篇）
“领域外的妹妹”和冲矢昴都很关心羽田秀吉的比赛情况，知道赢了比赛后十分开心。世良邀请柯南一个人到访，“领妹”表示柯南未必符合她的期待。
792（845） 三个第一发现者（前篇）
793（846） 三个第一发现者（后篇）
哀向柯南透露朗姆的一只眼为义眼的特征。
810（865） 县警的黑暗（前篇）
811（866） 县警的黑暗（中篇）
812（867） 县警的黑暗（后篇）
新人物黑田兵卫登场，任长野县警署搜查一课课长。一只眼睛不正常，柯南怀疑他可能是RUM。
814（869） 博客女演员的密室事件（前篇）
815（870） 博客女演员的密室事件（后篇）
黑田兵卫调任警视厅刑事部搜查一课管理官，离柯南更近了，并且似乎了解柯南的推理能力。
827（882） 好吃得要死的拉面2（前篇）
828（883） 好吃得要死的拉面2（后篇）
柯南发现“领妹”的本名可能为“Mary”。暗示世良的二哥即为羽田秀吉。
836（891） 关系不好的女子乐队（前篇）
837（892） 关系不好的女子乐队（后篇）
安室回忆是赤井杀死了日本公安卧底苏格兰，这就是两人结怨的原因。世良终于说出她的大哥就是赤井秀一，但世良一直以为大哥已死。
843（898） 侦探团的各执一词（前篇）
844（899） 侦探团的各执一词（后篇）
柯南发现哀与“领妹”长相相似。认为灰原和赤井可能有血缘关系。
849（904） 结婚申请表的密码（前篇）
850（905） 结婚申请表的密码（后篇）
861（916） 与17年前一样的案发现场（前篇）B/F
862（917） 与17年前一样的案发现场（后篇）B/F
哀提到羽田秀吉的义兄羽田浩司是APTX4869名单上一员，柯南和赤井调查起17年前羽田浩司被杀一案，最终推理认为浩司被朗姆嫌疑人浅香杀害。
863（918） 灵魂侦探被杀事件（前篇）B
864（919） 灵魂侦探被杀事件（后篇）B
世良与“领妹”都很关心羽田浩司案件，柯南不慎掉落了变声器，“领妹”用捡到的变声器破案，世良称其为“妈妈”。领妹展现出了很好的身手。
866（921） 背叛的舞台（前篇）B
867（922） 背叛的舞台（后篇）B
贝尔摩得化装称榎本梓与安室透刺探疑似与浅香有关的歌词，最后发现其与组织无关。过程中柯南，安室，冲矢昴共同解决了歌手自杀案件，安室突然发现苏格兰其实也是自杀，但依然怨恨赤井没有救他，看见冲矢昴是左撇子，再次怀疑他就是赤井，并称早晚会扯下他的高领。
最后，其实我做的基本上是复制黏贴的搬运工作，刚好我自己也理一理。所有这些，其实 名侦探柯南 百度百科 的最后都有。大家自己查也挺方便的。
然后，那些还没有动画化的漫画里的主线我之前也大概整理了下，要的话我也可以再发给你。
觉得好就采纳吧，谢谢。