国家对合作社的惠农政策多杂，按照惠农政策的涵盖范围及其特点，这些政策可以分为：补贴类政策、优惠政策。
1、补贴类政策
国家给予农业企业或合作社贷款补贴、购机补贴、种粮补贴及农资综合补贴等，从2003年开始，主要的农业补贴有：种粮直补、农资综合补贴、生猪标准化规模养殖场（小区）建设、农业保险补贴、粮食最低收购政策、退耕还林补贴、草原生态保护补助等等。
2、优惠政策
合作社可以享受土地流转补贴、税收减免、用水用电优惠等优惠政策。土地流转优惠：全国很多地区对合作社土地流转有补贴，比如浙江新昌县对流转土地种植水稻20亩（蔬菜30亩、其他50亩）以上给予经营业主和流出户一次性奖励。
税收优惠：一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13％的扣除率计算抵扣增值税进项税额。农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，免征增值税；合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税等。
用电用水优惠：规模化生猪、蔬菜等生产的用水、用电与农业同价；电力部门对粮食烘干机械用电按农业生产用电价格从低执行的政策。
农民专业合作社是属于什么性质的单位
农民专业合作社既不同于企业法人、也不同于社会团体法人，而是一种全新的经济组织形态。农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织，有以下几个特点：
农民专业合作社以其成员为主要服务对象，提供农业生产资料的购买，农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务。
农民专业合作社成员以农民为主体，谋求全体成员的共同利益，入社自愿、退社自由，成员地位平等，实行民主管理，盈余主要按照成员与农民专业合作社的交易量（额）比例返还。
农民专业合作社应依法登记取得法人资格；对由成员出资、公积金、国家财政直接补助、他人捐赠以及合法取得的其他资产所形成的财产，享有占有、使用和处分的权利，并以上述财产对债务承担责任；以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对农民专业合作社承担责任。
农民专业合作社的设立登记、组织机构、财务管理以及合并、分立、解散和清算等具体问题受《农民专业合作社法》的调整。