为了确保土地复垦的有效实施，根据2019年修正的《土地复垦条例实施办法》(原自2012年国土资源部第56号令公布)，首要目标是综合考虑复垦后土地利用的多元效益，优先将生产建设活动造成损毁的可复垦耕地恢复为耕地。这一条例要求县级以上自然资源主管部门设立专门机构，配备专业人员负责全程监管，并强调部门间的协同合作，如与发改委、财政等部门紧密配合，上级部门对下级工作进行指导监督。
实施过程中，除遵循《条例》第六条的基本规定外，土地复垦的所有环节，包括调查评价、规划设计、工程建设造价、质量控制和评价等，必须遵守国家标准和土地管理行业标准。省级自然资源部门可根据本地实际情况，制定补充标准，确保工程的标准化和地方特色。
为了实现精细化管理，县级以上部门需建立土地复垦信息管理系统，利用综合监管平台动态监测土地损毁和复垦情况，及时收集、分析数据，发布相关信息，以实现对土地复垦工作的实时跟踪和公开透明。