可可西里与海洋不相连，没有海。
可可西里地处青藏高原腹地，平均海拔在4600米以上，最高峰为北缘昆仑山布喀达坂峰(亦称新青峰或莫诺马哈峰)，海拔6860米；最低点在豹子峡(昆仑山南麓红水河横穿博卡雷克拐弯处)，海拔4200米。区内地势南北高，中部低，西部高而东部低。
可可西里山和冬布勒山横贯本区中部，山地间有两个宽谷湖盆带，地势较平坦。海拔5500米～6000米以上的山地，有现代冰川发育。如布喀达坂峰(6860米)，马兰山(6813米)，少数超过5600米的山峰也有小规模冰川分布，如东岗扎日(5882米)，冰川总面积达1700多平方公里。