1997年，石柱县面积3013平方千米，人口47.8万。辖4镇50乡。县政府驻南宾镇。
2000年，石柱县辖南宾、西沱、临溪、黄水4个镇；大歇、凤凰、灯盏、华丰、双庆、河坝、大河、三店、永和、下路、金彰、天泉、三树、三星、五斗、三汇、六塘、王家、河嘴、黎家、马武、黄鹤、洗新、新乐、漆辽、木坪、都会、万宝、石流、中兴、王场、黎场、沿溪、坡口、万朝、沙子、栗新、金竹、金岭、湖镇、卷店、蚕溪、中益、官田、悦来、鱼池、龙沙、桥头、三益、东木坪、冷水、枫木、洋洞、石家54个乡。
2002年，石柱县辖12个镇、20个乡，11个居委会、496个村委会。户籍人口51.11万，其中非农业人口6.46万人。
2008年，石柱县辖12个镇、20个乡：南宾镇、西沱镇、下路镇、悦崃镇、临溪镇、黄水镇、马武镇、沙子镇、王场镇、沿溪镇、龙沙镇、渔池镇、大歇乡、三河乡、万朝乡、黎场乡、三星乡、六塘乡、桥头乡、三益乡、王家乡、河嘴乡、石家乡、冷水乡、枫木乡、中益乡、洗新乡、黄鹤乡、龙潭乡、新乐乡、金铃乡、金竹乡。
2009年，石柱县辖32个乡镇。18个镇：南宾镇、西沱镇、黄水镇、下路镇、悦崃镇、临溪镇、马武镇、沙子镇、王场镇、沿溪镇、龙沙镇、鱼池镇、三河镇、大歇镇、桥头镇、万朝镇、冷水镇、黄鹤镇；14个乡：黎场乡、三星乡、六塘乡、三益乡、王家乡、河嘴乡、石家乡、枫木乡、中益乡、洗新乡、龙潭乡、新乐乡、金铃乡、金竹乡。
2015年，石柱县辖3个街道、16个镇、14个乡。3个街道：南宾街道、万安街道、下路街道；16个镇：西沱镇、黄水镇、悦崃镇、临溪镇、马武镇、沙子镇、王场镇、沿溪镇、龙沙镇、鱼池镇、三河镇、大歇镇、桥头镇、万朝镇、冷水镇、黄鹤镇；14个乡：黎场乡、三星乡、六塘乡、三益乡、王家乡、河嘴乡、石家乡、枫木乡、中益乡、洗新乡、龙潭乡、新乐乡、金铃乡、金竹乡。
南宾镇
南宾镇为石柱县中心城区，距重庆市区250公里，距长江47公里、沪蓉高速公路6公里。幅员面积166.8平方公里，其中城区9平方公里。辖12个社区和11个行政村，82个村（居）民小组，总人口10.6万人，其中：农业户数13264户，农业人口45562人。南宾镇是石柱县长毛兔、蚕桑、烤烟、辣椒、水果、中药材、林业生产基地。
西沱镇
西沱镇位于石柱县北部，原名西界沱，距县城76公里。幅员面积62平方公里。辖4个社区和7个行政村，47个村（居）民小组，总人口3.5万多人。境内资源丰富，探明原煤储量为2000万吨，石灰石储量1.5亿吨，锰矿储量350万吨。
黄水镇
黄水镇位于石柱县东北部，地处渝鄂边陲，距县城63公里。幅员面积158.7平方公里。辖3个社区和5个行政村，38个村（居）民小组，总人口12699人。2010年，被评为市级文明城镇和全国特色景观旅游名镇。
下路镇
下路镇位于石柱县西南部，距县城7公里。幅员面积158平方公里。辖1个社区和11个行政村，69个村（居）民小组，总人口41167人，土家族占总人口的76%。
悦崃镇
悦崃镇位于石柱县中北部，距县城36公里。幅员面积170平方公里。辖9个行政村，44个村民小组，总人口19448人。为重庆黄水统筹城乡示范区域旅游环线重要乡镇之一。
临溪镇
临溪镇位于石柱县北部，距县城65公里，距万州50公里。幅员面积149.7平方公里。辖1个社区和9个行政村，66个村（居）民小组，总人口25718人。城镇人口为6033人，城镇化率为23.2%。
马武镇
马武镇位于石柱县东南部，距县城48公里。幅员面积90.81平方公里。辖1个社区和6个行政村，40个村（民）小组，总人口1.3万人。为石柱县重要的优质烤烟、蚕桑、生猪、辣椒生产基地。
沙子镇
沙子镇位于石柱县东南部，距县城43公里。幅员面积168平方公里。辖1个社区和9个行政村，总人口15027人。以黄连为主的中药材、银杏、冷竹笋、烤烟等绿特农产品资源丰富。
王场镇
王场镇位于石柱县西北部，距县城80公里。幅员面积57平方公里。辖1社区和6个行政村，44个村（居）民小组，总人口1.8万人。拥有沿江片区最完善的水利设施——“桃花大堰水利体系”和新农村建设的亮点——“王场集镇新区”。
沿溪镇
沿溪镇位于石柱县西北角，距县城85公里。幅员面积56平方公里。辖1个社区和6个行政村，70个村（居）民小组，总人口20573人。沿溪码头为石柱县第二个长江码头。
龙沙镇
龙沙镇位于石柱县东北部，距县城20公里。幅员面积78.03平方公里。辖3个社区和5个行政村，44个村（居）民小组，总人口16885人。农业以辣椒、烤烟、马铃薯三大产业为支柱。2012年，年度综合考核居分组第五名。
鱼池镇
鱼池镇位于石柱县北部，距县城46公里。幅员面积97平方公里。辖8个行政村，37个村民小组，总人口14520人。旅游资源丰富，有千野草场、灵山佛景区、土家老街、莲花洞等。
三河镇
三河镇位于石柱县东部，距县城6公里。幅员面积101.36平方公里。辖13个行政村，57个村民小组，总人口29372人。三河镇现代生态农业、休闲观光农业初具雏形。
大歇镇
大歇镇位于石柱县西北部，距县城9公里。幅员面积131平方公里。辖10个行政村，58个村民小组，总人口24708人。烤烟、辣椒、长毛兔、马铃薯、中药材为五大支柱产业。
桥头镇
桥头镇位于石柱县中部，距县城33公里。幅员面积68平方公里。辖7个行政村，41个村民小组，总人口13655人。以粮食生产为主，形成以辣椒、长毛兔为主导产业的种、养业。
万朝镇
万朝镇位于石柱县东北部，距县城32公里。幅员面积76平方公里。辖6个行政村，41个村民小组，总人口16603人。属典型的丘陵地带，立体气候明显。
冷水镇
冷水镇位于石柱县东部，距县城42公里。幅员面积74.7平方公里。辖5个行政村，26个村民小组，总人口6129人。
三星乡
三星乡位于石柱县南部，距县城19公里。幅员面积为102平方公里。辖6个行政村，39个村民小组，总人口17062人。实有耕地面积15884亩，其中田面积4902亩，森林面积129348亩，草场面积9.1万亩。
六塘乡
六塘乡位于石柱县南部，距县城18公里。幅员面积129.6平方公里。辖10个行政村，55个村民小组，14840人。主要有烤烟、畜牧、中药材、林业四大支柱产业。
黎场乡
黎场乡位于石柱县西北部，距县城88公里。幅员面积36.1平方公里。辖5个行政村，45个村民小组，总人口13520人。
三益乡
三益乡位于石柱县中部，距县城32公里。幅员面积23.8平方公里。辖四个行政村，22个村民小组，总人口5650人。农民收入来源主要为：以辣椒产业为主的经济作物种植业、以长毛兔为主的畜牧养殖业和外出务工收入。
王家乡
王家乡位于石柱县北部，距县城65公里。幅员面积47.4平方公里。辖6个行政村，30个村民小组，总人口9627人。行政村全部实现通路，其中有三个村全面实现硬化。
河嘴乡
河嘴乡位于石柱县北部，距县城79公里。幅员面积59平方公里。辖7个行政村，48个村民小组，总人口12199人。
石家乡
石家乡位于石柱县东北部，距县城55公里。幅员面积52.3平方公里。辖5个行政村，29个村民小组，总人口10983人。为产粮大乡，有“高原粮仓”之美称。
枫木乡
枫木乡位于石柱县东北部，距县城86公里。幅员面积136.4平方公里。辖7个行政村，总人口11077人，其中：农业人口3309户，10635人，95%人口系土家族。
中益乡
中益乡位于石柱县东北部，距县城55公里。幅员面积155平方公里。辖7个行政村35个村民小组，总人口8232人。境内有丰富的森林、水利、天然气等资源。
洗新乡
洗新乡位于石柱县东南部，距县城72公里。幅员面积96平方公里。辖5个行政村，20个村民组，总人口5160人。
黄鹤镇
黄鹤镇位于石柱县东南部，距县城40公里。幅员面积47平方公里。辖3个行政村，20个村民小组，总人口4838人。
龙潭乡
龙潭乡位于石柱县东南角，距县城40公里。幅员面积136平方公里。辖5个行政村，29个村民小组，总人口4820人。
新乐乡
新乐乡位于石柱县东南部，距县城80公里。幅员面积65.5平方公里。辖4个行政村，18个村民小组，总人口4635人。
金竹乡
金竹乡位于石柱县东部，距县城52公里。幅员面积58平方公里。辖3个行政村，10个村民小组，总人口1731人。
金铃乡
金铃乡位于石柱县东南部，距县城61公里。幅员面积62.4平方公里。辖4个行政村，21个村民小组，总人口3611人。
南滨街道办事处、万安街道办事处、下路街道办事处。西沱镇、黄水镇、悦崃镇、临溪镇、马武镇、沙子镇、王场镇、沿溪镇、龙沙镇、鱼池镇、三河镇、大歇镇、桥头镇、万朝镇、冷水镇。黄鹤乡、枫木乡，黎场乡、三星乡、六塘乡、三益乡、王家乡、河嘴乡、石家乡、中益乡、洗新乡、龙潭乡、新乐乡、金铃乡、金竹乡。