合同工是指事业单位通过签订合同招收的短期性工人。合同一般采取书面形式，内容包括时限、任务及共同遵守的各项义务等。。
编制内、在编是指：通过正式考试进入机关事业单位工作,且在组织部、人事局内有注册的工作人员。
两者起码在四个方面的福利存在差异：
第一，整体的收入会有所差别
事业单位编制的员工和合同制的员工在基本工资方面没有区别，但是在隐形福利方面，差别就很大。拥有编制的员工，其工资以及各项福利都是由国家财政拨款，而合同制的员工都是由本单位的运作资金支付工资。
国家给予事业单位员工的各种车补、降温费、岗位津贴、职称津贴等，合同制员工有时候都无法享受，特别是部分单位的年终奖，可能会占到总工资的五分之一左右，这就会直接拉开差距。
第二，工作的稳定性不同
事业单位招聘的编外合同人员，主要是由于本单位的工作较忙，需要相关的额外人员进行辅助。如果各类单位进行合并或者是简化机构，裁减相关的人员，和同志的临时工就会被先行辞退。
如果拥有编制的事业单位员工，即使工作的单位合并或者消失，也会由国家统一进行调配，换到其他的单位工作。有我们看到很多中小学的合并，拥有编制的教师就会安排到其它学校，合同制的教师就直接解除合同。
第三，晋升的空间有很大差别
每个单位都会有相应的晋升机制以及评优评先制度，如果是事业单位的正式员工，考核方面也会更加全面，在职位晋升方面会给予优先考虑，甚至还有可能调整到行政部门工作，发展的前景也会更好，上升的渠道也会更多。
我国制约单位的临时合同工，只能够在工资方面有所加强，职务晋升方面基本为零，如果没有特殊的情况，只能够以普通员工的身份干到退休。
第四，退休的待遇有所不同
事业单位的编制人员在工作期间，单位都会足额缴纳公积金，而且还会有额外的补充性公积金，各项保险都非常的齐全。等到自己退休以后，同样能够拥有比较高的退休金，也会拥有比较完善的医疗保障体系。
合同制的员工都是依据我国劳动法的相关规定缴纳，基本都是按基本工资的比例缴纳，也就是没有单位方面提供的补充公积金，这些差距就会直接导致两者之间的退休金存在差异。