为了提高有害生物的防治效果及实现无害化防治，国内外都进行了大量的转基因抗病虫品种的选育工作并取得了一些成功。如将苏云金杆菌（Bt）毒素基因导入植物，已成功培育出抗虫棉（抗棉铃虫、金刚钻）、抗虫玉米（抗玉米螟、草地螟）等杀虫效力较高、增产效果较显著的转基因抗虫品种。
试验表明，此类品种抗虫专化性较强，对益虫、动物和人类没有毒害作用，其应用减少了杀虫剂的使用，降低了农业生产成本，并可减少由于使用农药而造成的环境污染。转基因抗虫品种的推广应用效益惊人，据推算，如我国全面推广种植具有自主知识产权的“中国抗虫棉”，每年可挽回经济损失75亿元。
转基因抗病品种的选育也取得了一些成果，如将野生稻的抗性基因植入栽培稻而获得的抗病稻（对白叶枯病细菌）已选育成功，其推广应用将大大降低稻白叶枯病的发病率，如在全球范围内推广种植，每年可减少损失数十亿美元。荷兰的一家植物生物技术公司还使用转基因技术培育出一种抗真菌的草莓新品种，既减少了草莓病害，又延长了草莓保鲜期，使每英亩（1英亩＝4046.85米2）草莓在美国市场上多获利1800美元。预计未来的几年内，几十种抗病虫效力高、对人和有益生物无害的转基因抗病虫品种将陆续进入市场推广种植。