检察院对案件进行审查后，在证据不足的情况下作出不起诉决定的，依据具体的案件可以作出以下的处理：1、如果是公安机关移送的案件，公安机关认为检察机关不起诉决定有错误的，是可以申请复议的，如果检察机关复议后仍然不起诉的，公安机关可以在收到复议决定书后，连同相关的材料向上级检察机关申请复核。2、如果公安机关认同检察机关不起诉决定的，犯罪嫌疑人被公安机关采取强制措施的，公安机关应该立即解除刑事强制措施，释放在押的当事人。3、公安机关收到不起诉决定后，公安机关认为要追究刑事责任的，是可以继续对案件进行侦查的，在收集到新证据的情况下，可以再将案件材料移送到检察机关，请求检察机关提起公诉。通过上述的分析，检察机关在证据不足的情况下，是可以作出不起诉决定的，如果公安机关或者案件的被害人对不起诉决定不服的，是可以申请复议或者复核的，而公安机关可以进行补充的侦查。关于证据不足的问题，在民事案件和刑事案件均可能存在。不过，由于案件的类型不同，实际对证据不足的处理方式也不一样。其中，如果是属于刑事案件，法院会认定证据不足，无罪释放。但要是属于民事案件，法院会驳回原告诉讼请求。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。