《章氏丛书》，1915年右文社铅印本，1919年浙江图书馆木刻本，1924年上海古书流通处木刻本。
《章氏丛书续编》，北平1933年。
《章氏丛书三编》，1939年章氏国学讲习会铅印本。
《章太炎全集》1-8集（尚未出完），上海人民出版社，1980-94年点校本。 《国学讲习会略说》，1906年东京秀光社。
《国故论衡》，1910年东京秀光社本，丛书增订本。陈平原点校本，朱维铮点校本（《全集》第9集，对照本）。
《国学概论》，曹聚仁笔记本（又有张冥飞本，劣）。1922年泰东图书馆排印本。
《菿汉三言》，虞云国校点，辽宁教育出版社。
《国学略说》，涂小马校点，上海文艺出版社。
《章炳麟论学集》，北京师范大学出版社，1982年。
《章太炎书信集》，马勇编。
《章太炎的白话文》，1921年泰东图书馆排印本。
《章太炎政论选集》，汤志钧编于1961年，中华书局，1977年点校本。
《章太炎说文解字授课笔记》，朱希祖、钱玄同、周树人笔记，王宁整理抄录，影印誊钞本，中华书局，2008年11月。 《太炎先生自定年谱》，1928年撰（同治七年至民国十一年），手稿本，章氏国学讲习会删改排印本。1986年上海书店影印本。
《章太炎年谱长编》，汤志钧编，中华书局，1979年。
《章太炎年谱摭遗》，谢樱宁编，中国社会科学出版社，1987年。
《章太炎学术年谱》，姚奠中、董国炎编，山西古籍出版社，1993年。
学术自述：《自述学术次第》，1913年。
《菿汉微言》末条，1915年。
诸祖耿《记本师章公自述治学之功夫及志向》，1933年。 《国故论衡疏证》，庞俊注，1940年华西大学铅印本。仅含中、下卷；郭诚永补注上卷，北京中华书局2008年全排印本。
《齐物论释注》，缪篆注，油印本。未见。 《齐物论释训注》，荒木见悟注，九州大学文学部哲学研究会《哲学年报》29-31。未见。
《章太炎选集》（注释本），朱维铮、姜义华注，上海人民出版社，1981年。
《訄书详注》，徐复注，上海古籍出版社，2000年。注名物。
《文学总略注》，程千帆《文论十笺》，朱东润《中国历代文论选》。 英国斯宾塞尔（Herbert Spencer）著，曾广铨、章太炎译《斯宾塞尔文集》，上海《昌言报》第1至7本，1898年。
日本岸本能武太著、章太炎译《社会学》，上海广智书局，1902年铅印本。 民国四年（1915年），袁世凯想做皇帝，生怕章太炎反对，先期诱至北京，幽于龙泉寺；章太炎忧愤之余，梦做阎罗王。当时有报宗仰和尚书云：仰上人侍者：快接复曹，神气为开，所问幻梦事状，今试笔述，愿上人评之。去岁十二月初，夜梦有人持刺，请吃午餐，阅其主名，则王鏊也。（王鏊，苏州人，明武宗时贤相。）走及门外，已有马车；至其宅中，主人以大餐相饷；旁有陪客，印度人、欧洲人、汉人皆与。各出名刺，汉人有夏侯玄、梅尧臣。
余问王公：“读史知先生各德，而素无杯酒之欢，今兹召饮，情有所感。”王曰：“与君共理簿书事耳！梅君则总检察，吾辈皆裁判官，以九人分主五洲刑事；而我与君，则主亚东事件者也。”
余问王曰：“生死为寿量所限，轮回则业力所牵；大自在天尚不能为其主宰，而况吾侪？”梅氏答曰：“生死轮转，本无主者，此地唯受控诉，得有传讯逮捕事耳。传讯者不皆死，逮捕则死矣。既判决处分后，至彼期满释放后，又趣生诸道，则示非此所主也。”余念此论，颇合佛法，与世俗传言焰摩主轮回生死者不同。
因复问言：“铁床铜柱，惨酷至极，谁制此法者？”皆答曰：“此处本无制法之人；吾辈受任，亦是阎浮提人公举，无有任命之者。法律，则参用汉、唐、明、清及远西日本诸法，本无铁床铜柱事也。受罪重者，禁捆一劫；短则有百年。而笞杖之与死刑，皆所不用。吾辈尚疑狱卒私刑，以铁床铜柱，困苦狱囚，因曾遣人微往视之，皆云无有。而据受罪期满者言，则云确受此痛。”
余曰：“狱卒私刑，非觇察所能得，吾此来当与诸公力除此敝何如？”王答曰：“固吾心也。”遂返。明日复梦到署视事。自后夕夕梦之，所判亦无重大案件，唯械斗谋杀，诈欺取财为多。如此幻梦不已，而日曜（星期日）之夜，则无此梦。余甚厌之。去岁梦此二十余日。 俞樾因太炎提倡排满革命，曾声言“曲园无是弟子”，章曾就此撰有《谢本师》一文，收入《訄书重订本》，又有《俞先生传》，收入《太炎文录》。
但太炎治学，由小学入门，主张音韵文字相通，以此为基础，结合西学，恢弘清代诸子学之门户，其方法一本曲园师承，绝非自立门户。
章太炎曾在晚清时与《新世纪》报吴稚晖等人争论汉字前途，反对在中国采用“万国新语”（世界语）。乃依篆书创造记音字母，作为汉字初学的注音手段，以保存汉字。
民国三年，由其弟子钱玄同、许寿裳、周树人促成教育部通过，作为国语注音符号，即今日仍在台湾通用之注音符号前身。 章太炎先生嗜烟，给学生讲课时，一手拿粉笔，另一只手必拿烟卷，有时讲到精彩处，拿着烟卷便往黑板上板书，常引得学生哄堂大笑。更绝的是，太炎先生有次在北京讲学。当时北京各大学的主任教授如吴承仕等，侍奉在太炎先生的左右作陪，有专门板书的，有倒茶水的，太炎先生国语不太好，弟子刘半农便担任翻译，其情其景给后世留下了尊师重教的佳话。
章太炎先生上课的开场白：“你们来听我上课是你们的幸运，当然也是我的幸运。”贯常的狂，大有“平生不识章太炎，访尽名流亦枉然”之架势，却丝毫不影响他备受众人敬仰的状况。可能是太炎先生狂得有资本的缘故。 章太炎被袁世凯幽禁在北京龙泉寺，仅弟子钱玄同可以随时进见。袁世凯每月提供给他生活费500元，雇厨子一人、听差两人以供侍奉。他毫不客气，晓谕听差和厨子必须每日向他请安三次，清晨9时一次、下午3时一次、晚上9时一次，请安方式为打躬，不得违误，若有差池重责不贷。听差厨子唯唯不敢稍忘。有时已下午3时，章犹自午睡不醒，听差必联袂入房，就枕畔低语：“大人醒来，打更时间到了！”
按例章太炎可每日享受两个大洋的菜肴，极尽丰盛，他便要求只做一块钱的，剩下的一块钱公然饱入私囊。即便是这一个大洋的菜肴，光他一人享用也过于丰盛，他从来只吃摆在面前的两个菜，对摆在远处的则懒得举箸。久而久之伺候他的两个听差便只把一些清淡的素菜放在他的近处，而把鲜腴的菜肴放在远处，等他吃完后，听差们便自己享用。后来钱玄同晓得了，便和官方取得联系，将两个听差革职。
民国四年（1915年）章太炎被袁世凯软禁期间，被迫写“劝进书”，书云：“某忆元年四月八日之誓词，言犹在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，非惟民国之叛逆，亦且清室之罪人。某困处京师，生不如死！但冀公见我书，予以极刑，较当日死于清朝恶官僚之手，尤有荣耀！”据说，袁世凯气得冒烟，又自嘲说：“彼一疯子，我何必与之认真也！”时称章太炎为“民国之祢衡”。 “五四运动”时期兴起的白话文运动之中，有一位北大教授，名刘复，字半农，他发出一种论调说“文言文是死的文字，什么人再写文言文，就是死人；白话文是活的文字，凡是写白话文的，就是活人。”刘半农采访章太炎时，就问其对白话文的见解如何。章太炎说：“白话文不自今日始，我国的《毛诗》就是白话诗。历代以来，有白话性的小说，都是以当时的言语写出来的，写得最好的是《水浒》、《老残游记》等，甚至有用苏州话写的《海上花列传》。但是你们写的白话文，是根据什么言语做标准？”
刘半农侃侃而谈说：“白话文是以国语为标准，国语即是北京话。”章太炎听了哈哈大笑，问刘半农：“你知不知道北京话是什么话？”刘半农不假思索答说：“是中国明清以来，京城里人所说的话。”章太炎就以质问的口吻问刘半农：“明朝的话你有什么考据？”刘半农呆着无词以对。章师就用明朝的音韵，背诵了十几句文天祥的正气歌，其发音与北京话完全不同，接着就说：“现在的国语，严格地说来，含有十分之几是满洲人的音韵，好多字音都不是汉人所有。”这番话说出，刘半农更呆住了好久，说不出一句话来应付。章太炎又说：“如果汉人要用汉音，我也可以背诵一段汉代音韵的文字。”说完他就背了两首汉诗，许多字的音韵都与现代不同。他又问：“你知不知道现在还有人用汉代音韵或唐代音韵来讲话的？”这时，刘半农已听得呆若木鸡，这一问他倒振作起来，便说：“现在哪里有人用汉音来说话？”他说得好像振振有词的模样。
章太炎说：“现在的高丽话，主要语是汉音，加上了唐朝的唐音、朝鲜的土话和外来话，即是今日的高丽话。”接着他说：“还有日本话，主要的中国字，称为汉字，即是汉音，其余的联缀词，日本各地的土音，又加上了近代各国外来语，就成为现在的日本。日本人的发音，各处不同，以东京为正宗，汉音也最准。各道各县的发音，连东京人也听不懂，这是你刘半农先生不研究‘小学’，不研究‘音训’，不曾研究过《说文》，所以你听了我的话，可能会觉得很奇怪。”刘半农面有赧色，无词以对。
章太炎又说：“我知道你曾经在北方的报纸上，征求过‘国骂’的字句及各地方骂人的话，第二天早上，就有人到你学校中，在课堂上讲出许多骂你老母的地方话。所以后来你就不敢再做这件工作，现在我来骂几句给你听。”
接着就说汉代的骂人话，是×××出于何书，唐朝骂人的话，是×××出于何书，直说到上海人、宁波人，以及广东人的三字经，完全骂出来。看起来好像供给他资料。这时已超过午餐时间，刘半农同来的人就出来向章师作揖说：“我们麻烦老师很久，现在我们要告辞了。” 胡适著有《中国哲学史大纲》一书，出版时特送了一本给章太炎，上写“太炎先生指谬”，下署“胡适敬赠”，人名旁边便用标点符号。章看到自己名旁加了黑杠，不禁大骂：“何物胡适！竟在我名下胡抹乱画！”及至看胡的名旁也有黑杠，才消了气说：“他的名旁也有一杠，就算互相抵消了罢！”案此传说实不可信，章太炎在晚清时出版的《訄书》（铅印本）等著作就曾采用旁线作为人名、书名号。所谓新式标点，在晚清以及明治时代的日本就已经发端了，不至于对此感到惊讶。
章太炎又有一致胡适之白话信，抬头曰：“适之你看”，盖直译旧时信函“某某大鉴”之体也。
受刘歆《七略》的影响，以《国故论衡》中《原学》等篇为代表，章太炎主张“九流皆出王官”说，而后来胡适著《诸子不出于王官论》，提出相反的意见。 章太炎逝世后，因对日战争爆发，暂厝于苏州锦帆路寓所水池中。解放后，浙江省人民政府按其遗愿，葬于杭州西湖南屏山南明遗臣张苍水墓旁。
“文革”初期遭暴尸，后又重新安葬。汤国梨卒后，亦一并安葬于此。今设有章太炎纪念馆。
文化大革命后期的“评法批儒”运动中，章太炎被当作法家体系在晚清的代表而得到发掘，当时上海人民出版社组织并“解放”了一批学者，编辑了若干章太炎诗文、著作的选本和注释本。
这一系列工作，虽然受到政治风潮的影响，但也在一定程度上奠定了八十年代以后编校《章太炎全集》和重建章学研究的人员基础。
