早期落成的路线由于规划时未预料到将来会与众多线路交汇，故部分车站无作任何转乘预留。
备受批评的杨箕站和广州火车站站，均为新旧线的转乘站，旧线没有预留转乘条件。1号线与5号线交会的杨箕站只能改造原有A出口作为转乘通道，但出入口通道一般设计得比较狭窄，而且为了不影响既有车站的结构，新建5号线车站离1号线车站有一段距离。转乘路程较远而且转弯较多，中间还要上落楼梯，因此成为现时最不便的转乘站之一，早晚高峰均须实行客流管制。而2、5号线的转乘站广州火车站虽然比杨箕站的站厅、月台较宽，转乘距离较短和扶梯楼梯数目较多，但因两线需要通过站厅通道步行转乘，加上客流较多而拥挤，仍为人诟病。
曾宝贤曾就转乘问题给地铁公司写过一封信，指广州火车站、杨箕站转乘站，转乘路线过远，乘客辛苦，建议修建类似机场里的输送梯，但地铁没有向其作出任何回应。不过上述两站的转乘通道不够平直，通道狭窄还有数个转弯位，因此每段的长度也难以安装水平输送梯。
也有乘客要求杨箕站转乘通道装扶梯，地铁公司则回应：“国标规定高差六米以上要建扶梯，该处只有一两米，所以没有安装。”
预计将来新建线路与早期线路交汇时，转乘问题仍难免，但新建车站时则注意到了该问题，大多会预留转乘条件，使之在远期成为较为方便乘客的转乘站。 地铁的众多路线中，除了1、2、8号线是使用较宽敞的6卡A型列车，其余各线因客流、速度技术、路线走向和地质限制等因素，只能采用B型列车（3号线、广佛线）及采用直线电机技术的L型列车（4、5、6号线），其中除3、5号线为6卡编组列车外，其余4、6及广佛线均只以4卡编组营运。地铁列车编组短，车卡窄和运力不足问题一直为人诟病，早在三号线开通之初，地铁公司就宣传“小编组，高密度”的营运方式，当时解释为“以适应不同时间的客流。”
但因地铁公司客流预测错误，加上3号线规划之初沿线楼盘的兴建速度快于轨道交通建设，使客流量增长速度远比预期快。三号线的日客运量从刚开通时的15.5万人次上升到2008年5月底的21万人次（相当于一号线2002年的水平），5月1日甚至达到了32.52万人次。纵然地铁公司不断缩短行车间隔，但效果甚微甚至没有效果。导致在早晚高峰，节假日车卡和车站内十分拥挤而实施车站客流控制，挤迫度超过100%，加上信号未完全调试完好，经常出现临时停车甚至飞站。使网民称之为“史上最短、最慢的地铁”。地铁公司原计划3号线在远期才实行3卡编组列车两两重联，由于客流猛增，加上来自社会的压力，使在3号线开通的5年后（即2010年4月20日），地铁公司提把所有3卡编组列车两两重联，变为6卡编组营运。 2010年4月28日，两两重联列车正式于天河客运站至番禺广场段投入服务。后来亦逐渐投入6卡编组新车，但3号线运能和客流的矛盾依然比较尖锐。
而6号线在规划定位时，6号线定位为1号线的“辅助线”，以缓解1号线将来的压力，并非主要考虑沿线客流，此时1号线运力尚未饱和。但由于未考虑金沙洲的发展，且低估了传统商区人流等因素，所以建设时只采用4卡的小编组。6号线开通时，有广州市民称“被4卡车卡吓怕”而不敢乘坐。 地铁公司现时亦预测6号线的客流会超过设计运力，而4卡编组营运已难以改变，因此新列车为了多载客，每卡车卡有一半座位可在高峰时段拆除。 除此之外，今后或将通过公交接驳和未来开通的11号线等来缓解客流压力。 2011年5月5日，南方都市报率先报道16中高一学生陈逸华，身穿印有五羊石像和广州传统英文名“Canton”字样的T恤，在东山口、烈士陵园等一号线多个地铁站外举着用正体字书写的横幅，派发传单并收集市民签名。他指称1号线会在三年内完成全线16个车站的翻新工程，铲去原有墙面、改为统一灰色石板。这样既抹杀1号线“一站一景”的特色，又劳民伤财。当时已开工的车站有长寿路站、杨箕站、体育西路站、广州东站。此事引起媒体和社会广泛热议，网上有人称他为“举牌哥”。 5月6日地铁公司第一次回应称，一号线已开通14年，翻新改造皆因线路老化、装饰材料残旧破损。由于当初的装修材料已被淘汰，无法再买到，所以进行全面翻新。针对破坏“一站一景”的风格，地铁公司说：“原装修未成景观化风格，谈不上抹煞”，“翻修前后风格没有太大改变。”不过此说法马上被媒体驳斥，他们在建材市场调查时发现，其实可以轻易寻获类似颜色和材质的饰材。另外有人也发现，除了更换墙面材料外，多个站台的吊顶也被更换，新吊顶增加了不少装饰材料，也新装了一些灯具。 两天后，地铁公司派工程维修部经理约见陈逸华，称一号线的瓷片大部分采用粘贴方式安装，长时间使用后粘贴层松脱，瓷片容易掉落，存在严重的安全隐患，几个站点也发生过瓷片脱落的问题。而石板有固定件，可以“一劳永逸”，且石材容易清理，不容易出现划痕和污损。一号线的吊顶方式传统，导致天花板经常掉落，近5年已出现了多次的天花板松脱故障，而且还影响站台的照明度，加上灯具老化，使得站厅的照度满足不了设计要求。有人质疑地铁公司用专业数据和术语驳斥，明显利用信息不对称。
此时广州地铁公司原副总工程师曾宝贤通过媒体公开表明：一号线总体翻新“完全没有必要”。他指完好的墙面，应该是“保养”才对；维修保养是经常性的，哪个墙面有问题，就修补哪个墙，不能拆除。有市民质疑：一号线的装修质量是否存在问题？当年的装修公司是否有义务对一号线的装修进行保修？而一号线此次的站台墙壁翻新是采用外挂花岗岩的形式，也被质疑：花岗岩含有微量放射性物质，近几年已被家居装修所淘汰，地铁装修使用是否环保？有媒体也查出广州地铁2010年9月的中标公示，其中明确显示，此次地铁整体装修的中标报价为广州市房屋开发建设有限公司的6726万元人民币。对此，有建筑业高级工程师提出质疑：中标报价下浮率达到了近三成，相差两千多万元，这样的招标过程是否合理？6700多万元的最终中标价，又还有多少的水分存在？缩减了两千多万元的费用后，此次的翻新装修质量能否有保障，又能使用多少年？稍后，公众又开始质疑地铁公司的翻修决策过程，其中立项、评审、预算全部是地铁公司内部消化，公众无从知晓，更无从监督。
5月10日地铁新闻发言人再次约见媒体，依然声明装修是必须进行的，但坚持原方案的态度有了缓和，表示改造工程将不再对全部材料和设施都翻修，仅对存在安全隐患的部分进行改造。对仍未开始改造的车站，未来动工时会咨询公众。有省政协委员指，地铁公司此举是缓兵之计。另外陈逸华曾多次通过电话、在意见箱里投卡片等方式，将一些问题和建议反馈到地铁公司，但每次得到的答案几乎相同：会跟进，但短时间内不会改变。 对于站名的命名，有许多不同的意见。 例如有人质疑芳村站的命名，其实芳村站、花地湾站、坑口站、滘口站和西朗站均属于芳村，使用“芳村”命名站点有以偏概全之嫌，尽管实际上芳村站是取名自紧邻车站旁的芳村村落，而并非指历史上的芳村区，面对不同意见，更多人认为只要方便即可。如其他地铁系统，广州地铁的一些站点名称曾经在规划时有过改动。例如中山八站，曾命名为中山八路站；潭村站曾命名为赛马场站；汉溪长隆站也多次更名，曾命名为汉溪站和长隆站。2011年12月30日，广州市民政局发布公告批准将6号线兴建中的越秀南站更名“团一大广场站” ，此举在网络上引起了广泛争议。
翻译方面，广州地铁各车站的英文名称从开通至2006年11月都是直接使用汉语拼音，例如广州火车站译为“Guang Zhou Huo Che Zhan”，中大站译为“Zhong Da”。对此当时拥有地铁英文命名权的广州市地名委员会有关部门说：“1977年联合国第三届地名标准化会议确定了中国地名采用汉语拼音拼写，因此地铁站名的拼写方法都是按照规定使用汉语拼音拼写的，符合国际标准惯例。”不过此译法备受诟病，而当时上海、香港等城市都是拼音与英语混合使用，港铁机场快线的机场站，也是翻译为“Airport”，并非“Kei Cheung”（机场的粤语拼音）。直至2006年11月6日，地铁公司又作出决定，一至五号线所有车站中文名称按照市地名办的规定执行，而英文译名则按照广州市人民政府外事办公室的规定执行，地铁车站的完全汉语拼音英译名被全部取消。此时市地名委员会出来指称，有关规定只是规定了地名的拼写，但没有规定地名的读法。地铁站报站时使用汉语拼音，主要是为了与站名汉语拼音拼写相统一。 而且，即使按照地铁的执行标准，中山八站本因中山八路而命名，英文也应该使用“Zhongshan Balu Station”，而非“Zhongshanba”。现时体育西路站、中山八站、白云大道北站等依然使用全汉语拼音，没有按照亚运前广州市交管部门下发的《全市道路交通标志及路牌设计指引》中使用“Road”、“Avenue”的规定。
用字方面，广州地铁1号线与广佛地铁的转乘站西朗站，位于荔湾区芳村西塱，鉴于当时电脑字库中没有“塱”字，因此采用了同音字“朗”（两字粤普读法一样）。虽然字库已增补此字，但为了方便民众，“西朗”一直沿用至今。即使广州市民政局已经允许其改为西塱，但是地铁公司表示修改成本巨大，可能耗费上千万元，会在下次线网调整时再作更改， 以节约成本，至于6号线的“柯木塱”则将使用“塱”字。 2004年，地铁公司8名职员在车站大堂客服中心在充值羊城通的过程中，通过中途强行断电的方式，累计往百多张羊城通卡内反复非法充值25万余元，然后到各大超市疯狂消费，有人甚至勾吉他人销赃，将非法充值的羊城通打折出售。 2006年11月1日起，人工充值服务转移到地铁站内的“天天洗衣店”及7-Eleven，客服中心只提供售卡服务。
