对于雅马哈巧格二代是否配备二次燃烧器的问题，可以从几个关键点来解析：
首先，雅马哈巧格欧一和欧二的显著差异在于，欧二车型在其发动机右侧上方的车架上安装了二次进气系统，这是欧一版本所不具备的。这个系统的作用在于提升环保性能，通过减少尾气排放，降低对空气质量的影响。
其次，关于加油时可能听到的响声，可能源于两个因素：
重要的是，雅马哈巧格125系列均为电喷发动机，不论是国三还是国四版本，都采用电子燃油喷射技术，而非化油器。只有100cc的巧格型号可能采用化油器。因此，可以明确指出，雅马哈巧格二代并未配备二次燃烧器，而是依赖于更先进的电喷系统以实现更佳的环保性能。
总的来说，雅马哈巧格二代的运行特性是其采用了电喷技术，注重环保。加油时的响声可能是由于车辆设计特性，而非二次燃烧器，是正常使用中的正常现象。希望这些信息能解答您的疑虑。