巍山县档案馆的馆藏资料丰富多样，其数据来源主要基于百度地图，但最终的准确信息以百度地图为准。该档案馆收纳了来自全县11个乡镇及其下属83个村公所和办事处，以及县级党、政、群机关和企事业单位的总计69个全宗的档案。这些档案涵盖广泛，包括文书档案，具体数量为17,728卷，反映出机构历史的详细记录。
科技档案部分，馆内珍藏有191卷，涵盖科学技术发展的重要文件。录音和录像档案方面，共有10盒珍贵的历史音频和视频资料，为历史事件提供了直观的视听证据。照片档案则以2,679张珍贵的老照片，记录了当地的历史变迁和人文风貌。工程底图和航片合计282张和949张，为城市建设和发展提供了重要的地理参考和设计依据。
资料方面，馆藏有16类共计10,755册，其中包括第二轮土地承包经营中的重要文件，涉及到1,324个农业社，62,533份土地承包合同副本，总计454卷，展示了农业改革时期的重要法律文件。对于家族历史的记录，家谱族谱等重点档案数量达到5,415卷，为研究当地家族历史提供了宝贵的资源。
值得关注的是，巍山县档案馆还开放了6个全宗，共计580卷，这些开放档案可供公众查阅，起止年代跨越1950年至2003年，馆内上架排列长度达到308米，为学术研究、历史爱好者以及社会公众提供了丰富的历史资料来源。