3-甲基吲哚是一种具有特殊物理化学特性的白色结晶物质。它的外观特征引人注目，呈现出结晶状态，呈现出典型的白色。在温度方面，它的熔点在92-97°C之间，这是一个关键的物理指标，表明它在常温下可能呈现出固态。沸点则相对较高，达到265-266°C，这意味着在标准大气压下，它会在接近这个温度时开始沸腾。
在溶解性方面，3-甲基吲哚能与3体积的95%乙醇以及某些油质香料相互混合，这表明它在特定溶剂中的溶解性较好，有利于其在香料工业中的应用。它的气味特性是其显著标志，带有强烈而独特的咸臭和强烈的吲哚样动物香，这种香气极其浓烈，扩散力极强，能持久留香。然而，值得注意的是，过高的浓度可能会带来不愉快的体验，甚至令人感到恶心，只有在极低的浓度下，它才展现出类似大灵猫香的动物香气。
在食品安全和香料配方中，3-甲基吲哚被赋予了FEMA编号3019，这是一个国际上用于食品添加剂识别的编码，表明其在食品工业中的合法使用。此外，它的闪点为132°C，这保证了在正常操作和储存条件下，它不会在较低的温度下引发火灾，保证了其安全性。
3-甲基吲哚（3-methylindole）有粪臭，又名粪臭素（skatole），白色或微带棕色结晶。对光敏感，久置逐渐变棕色，能溶于热水、醇、苯、氯仿及醚类，与亚铁氰化钾和硫酸作用显紫色，用作生化试剂也可用于调制香料。