倭寇之患从明朝立国开始就有，只是到了嘉靖年间才愈演愈烈。倭寇猖獗原因有三：其一、从经济角度上看，明朝禁止海外贸易，加上土地兼并严重，沿海无地百姓变成了倭寇；其二、从军制上讲，朱元璋设计的军户卫所制渐渐解体，明军名义上数量巨大，实际可战之兵少；其三、从体制上讲，明朝是一个低效率、高腐败的政府，抗倭力不从心。以上三个原因是倭寇、海盗日益猖獗的主要原因。
土木堡之变后山东、江浙之地的备倭兵约十余万被调至京师，补充进了京师三大营和首都卫戍部队。在北京保卫战中，瓦剌大军约5万余人，于谦则率各地赴京的大军22万人，双方相持不下，蒙古瓦剌部不得不撤退。根据朱元璋设计的军户卫所制，大明朝共有大军315.8万人，就算土木堡之变损失50万人，整个明朝的大军还是充足的。抽调备倭兵十余万至京师，那么沿海正常情况下还有数十万军队防守。
明朝实行海禁政策，禁止海外贸易，导致沿海民众无法从海上获取经济利益。明朝中后期土地兼并严重，大量农民失去土地，很多农民就当起了海盗，跟倭寇一起靠劫掠为生。倭寇中十分之二三是真倭寇，是日本战国的流浪武士；十分之七八是中国人，也就无业农民转变成的海盗。明朝中前期，军户卫所制开始解体，不少军户逃亡，军户逃亡的原因有两点：其一、土地被兼并，军响低得没法生活；其二、军官剥削过重。因此大明朝账面上有百万大军，实则仅仅数十万。
明朝是一个低效率、高腐败的政府，这一点在《万历十五年》里有深刻的描述。低效率在于皇权集中，事无巨细，皆须要皇帝朱批；另外明朝内耗严重，党争、宦官专权都导致行政效率低。高腐败则体现在明朝官吏俸禄低，因此都想法设法贪污。吃空响就是军官贪污的重要手段，军官还侵占军户的土地，给士兵们派徭役。正是因为军队和官府太过腐败，所以明朝军队明面上数量多，实际数量少，且战斗力低下。后期明朝不得采用募兵制，戚家军、关宁铁骑都是雇佣兵性制的明朝军队。