境外投资项目核准暂行管理办法的第三章规定了详细的核准程序。首先，对于国家发展改革委或国务院直接负责核准的项目，投资主体需向注册所在地的省级发展改革部门提交项目申请报告，经过省级部门审核后，再上报国家发展改革委。对于计划单列企业集团和中央管理企业，可以直接向国家发展改革委提交。
在核准前往特定区域或敏感国家的投资项目时，国家发展改革委会事先征求相关部门的意见。这些部门需在接到材料后的7个工作日内提供书面意见。国家发展改革委在接到项目申请报告后，会在5个工作日内对关键问题进行评估，可能需要咨询有资质的机构，并在规定时间内提交评估报告。
核准过程通常在20个工作日内完成，特殊情况可申请延长10个工作日，但不包括咨询机构评估的时间。核准结果将以书面形式告知申请人，包括核准和不予核准的决定及其理由，申请人享有复议或诉讼的权利。对于境外竞标或收购项目，需要在行动前提交书面信息报告，国家发展改革委在7个工作日内提供确认函，内容涵盖了投资主体信息、项目背景、投资计划等内容。
若项目前期费用需用汇，投资主体需事先申请核准，核准的前期费用将计入总投资。如果已核准的项目发生规模、地点、投资方或股权等关键变更，需要重新申请变更核准，其程序按照本章相关规定执行。
根据《中华人民共和国行政许可法》和《国务院关于投资体制改革的决定》，为规范对境外投资项目的核准管理制定，由中华人民共和国国家发展和改革委员会于二○○四年十月九日颁布实施，共计六章二十八条。