变电站内配置一套全站公用的时间同步系统，高精度时钟源按双重化配置，优先采用北斗系统标准授时信号进行时钟校正。时间同步系统可以输出SNTP、IRIG-B (DC)(串行时间B码)、1PPS(秒脉冲)等信号。站控层设备宜采用SNTP对时方式。间隔层、过程层设备采用IRIG-B、1PPS对时方式，条件具备时也可以采月IEC 61588网络对时。主时钟源要提供满足DL/T 860《变电站通信网络和系统》的通信接口，直接与自动化系统连接，将装置运行情况、锁定卫星数量、同时或失步状态等信息传输至站控层。
智能变电站的精密时钟同步系统：针对过程层网络与站控层网络相互独立的变电站时钟同步网络结构来构建智能变电站的精密时钟同步系统。主要包括构建方案：通过冗余结构的根时钟GC来实现智能变电站的全站IEEE1588对时中的交换机1~8在该方案中承载着透明时钟TC的作用，PTP 同步报文从GC时钟开始经过那8个透明时钟来完成与变电站其余IED设备的内部从时钟同步任务。该方案能够提供全站纳秒级的同步精度，但是每个主时钟、从时钟和透明时钟都必须具有 IEEE1588 时 间戳的产生与识别功能，实际工程的应用成本比较高。
智能变电站 NTP 和 IEEE1588 时钟同步对时方式进行了对比分析，并根据同步报文时间戳的产生与识别以及变电站的过程层与站控层网络的拓扑结构，将精密时间同步系统嵌入到智能变电站过程层和站控层。NTP 对时采用的客户端/服务器( C/S) 模式进行时钟同步的。客户端跟随服务器的时钟变化，实现与服务器的时钟同步。客户端不定期的向服务器发送 NTP 对时报文请求，服务器接收到客户端发送的报文请求后向客户端发送 NTP 对时报文响应。IEEE1588 协议将同步网络中的时钟分为主、从时钟两种。主时钟是通过BMC算法来得到的，主时钟广播、多播和组播同步信号，从时钟读取主时钟发送的时钟同步信号，将得到的时间参数记录下来，通过本地时钟同步算法计算出主、从时钟之间的误差，通过对从时钟进行误差修正来实现从时钟同步。
IEEE1588 协议主要是利用M－S模式进行变电站 IED 设备的主、从时钟同步。时间戳的产生与识别。NTP对时方式时间戳的产生 。NTP 是一个能够兼容底层设备的协议，只需要 NTP 网络通信接口就可以实现，对设备硬件没有严 格要求。NTP 对时方式的时间戳产生与识别是在应用层中进行的，带有应用层时间戳的 NTP 对时报文开始传输时，通过传输层进行UDP打包封装，然后在网络层将 UDP 打包的数据加上 IP 前缀与后缀构成 IP 数据包，最后在数据链路层中的MAC层实现以太网帧格式封装，经由物理层端口发送到交换机以太网上进行同步传输。IEEE1588 对时方式时间戳的产生。IEEE1588 对时方式的时间戳产生与识别是在数据链路层与物理层之间的MII口。由应用层产生 PTP 数据，通过传输层进行 UDP 打包封装，然后在网络层将 UDP 打包的 PTP 数据加上 IP 前缀与后缀构成 IP 数据包，最后在数据链路层中的 MAC 层实现以太网帧格式封装，在 MII 口进行 IEEE1588 时间戳的加载，经由物理层发送到网线上进行传输。而从时钟经物理层接收来自网线上传输的对时帧，在 MII 口处进行 IEEE1588 时间戳的读取，在网络访问层中的 MAC 层解帧，在网络层中将 IP 数据包中的前缀与后缀去除，通过 TCP/IP 协议进行数据包解封，最后传入从时钟的应用层，根据本地时钟算法实现主、从时钟同步。同步时间报文检测原理 。IEEE1588 同步时间报文检测的基本原理就是从帧开始标志结束后，将报文的数据流中的 MAC 地址，报文类型和 UDP 端口号记录下来，并与已知的 MAC 地址，报文类型和 UDP 端口号等参数进行比对，当参数匹配时才能确定为时钟同步报文。为了简化报文检测的设计，一般情况下主时钟与从时钟的报文检测方法一样。
