对种传病害的防治，以清除种子上或种子间携带混杂的病原体，即消除初侵染来源是最主要的原则，生产中应采用以下防治措施进行综合防治。
（一）植物检疫
植物检疫是指由国家专门机构，依据有关法规，应用现代科学技术，对生产及流通中的植物、植物产品及其他应检物品，采取一系列旨在预防为险性病、虫、杂草传播蔓延和定殖危害的技术及行政措施的综合管理体系。其目的是为了防止植物为险性病、虫、杂草等有害生物由国外传入和国内传播蔓延，保护农业生产和环境，维护对内、对外贸易信誉，履行国际间或国内地区间的义务。种传病害中有很多属于检疫对象，它们可通过种苗传播，因而对种传病害必须严格检疫，稍有疏忽后果不堪设想。
（二）使用无病种子
用不带病的种子作播种材料是防治种传病害最有效而经济的措施。可以通过建立无病留种田和脱毒繁殖等方式获得无病种苗。在一定的隔离区建立无病留种田，留种田的种子严格处理，生长季节及时防治病虫害，收获前仔细检查，清除病株、病穗，留种田单收单脱粒，防止在收获时和脱粒时种子被病原物污染而带菌。一些利用无性器官作繁殖材料的作物，如马铃薯可切取种薯幼芽0.3mm以内的茎尖进行组织培养，获取不带毒薯苗，在有保护条件的地方如在防虫网室内先繁殖无毒种薯，而后扩大无毒原种生产。
（三）种植抗病品种
利用抗病品种控制种传病害一方面要注意品种抗性的变异及当地病原生理小种的变化，另一方面还要注意选用兼抗性品种，防止控制了一种病害又造成另一种病害上升。另外，农作物品种对病害的抗性表现各式各样。有的成株抗性与幼苗抗性一致，有的不一致；有的作物叶部抗性与种子抗性一致，有的不一致。因而利用抗病品种控制种传病害，一定要进行品种抗性鉴定，确定作物的抗性表现。